DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
20296 NC(=O)c1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc3nc(-c4cncnn4)ccc3c2)cc1 AlphaDrug 5D2R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20297 NC(=O)c1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc3nc(-c4cccc(NS(=O)(=O)c5ccc(Cl)cc5)c4)ccc3c2)cc1 AlphaDrug 5D2R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20298 NC(=O)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCC3(CCN(c4ccc(Cl)cc4)C3=O)CC2)cc1 AlphaDrug 5D2R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20299 NC(=O)c1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc3nc(-c4cnnn4CCCN4CCCC4)ccc3c2)cc1 AlphaDrug 5D2R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20300 NC(=O)c1ccc(N)nc1S(=O)(=O)N1CCC2(CCN(c3ccc(Cl)cc3)C2=O)CC1 AlphaDrug 5D2R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20301 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(NC(=O)C3CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 6HM1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20302 COc1cc(C2CCCCC2)ccc1NC(=O)C(Cc1ccc2ccccc2c1)NC(=O)CN AlphaDrug 6HM1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20303 COc1ccc(-c2cc3c(C(=O)NC(C)(C)C)cnn3cc2-c2ccc(F)cc2)cc1 AlphaDrug 6HM1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20304 COc1cc(C(C)(C)C)ccc1NC(=O)C(Cc1ccc2ccccc2c1)NC(=O)c1cccc(C(N)=O)c1 AlphaDrug 6HM1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20305 COc1ccc(-n2[nH]c(=O)c3cc(C(=O)NC(C)C)cc(C)c32)cc1 AlphaDrug 6HM1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20306 COc1cc(C2CCCC2)ccc1NC(=O)c1cc(C(=O)NC2CCCCNC2=O)ccc1C AlphaDrug 6HM1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20307 COc1cc(C(=O)NC2CCCNC2)ccc1Nc1ccc(-c2cc(C)ccc2C)cc1 AlphaDrug 6HM1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20308 COc1ccc(-c2cc(-c3ccc(C)cc3)c3c(-c4cccc(C(=O)O)c4)cnn3c2)cc1 AlphaDrug 6HM1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20309 COc1cc(NC(=O)c2cc(C(F)(F)F)cc(S(N)(=O)=O)c2)ccc1NC(=O)C1CC(C)(N)C1=O AlphaDrug 6HM1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20310 COc1cc(C(=O)NC2CCCN(C)C2)ccc1NC(=O)C(Cc1ccc2ccccc2c1)NC(=O)C(C)(C)C AlphaDrug 6HM1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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