DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
20416 COc1ccc(-c2cc(C(=O)Nc3cc(N4C=CC(C(=O)O)C=C4)cc(C(F)(F)F)c3)cc(C(F)(F)F)c2)cc1OC AlphaDrug 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20417 COc1cccc(-c2cc(C(=O)Nc3cc(N4CCC(C(=O)O)CC4)cc(C(F)(F)F)c3)cc(C(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20418 COc1cccc(-c2cc(C(=O)Nc3cc(Cl)cc(C(C)(C)C)c3)cc(C(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20419 COCCCN1CCN(c2cc(NC(=O)c3cc(-c4cccc(OC)c4)cc(C(F)(F)F)c3)cc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20420 COc1cccc(-c2cc(C(=O)Nc3cc(C#N)cc(C(=O)O)c3)cc(C(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20421 COc1cccc(-c2cc(C(=O)Nc3cc(N4CCN(CC5CC5CC5CC5)CC4)cc(C(F)(F)F)c3)cc(C(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20422 COc1cccc(-c2cc(C(=O)Nc3cc(N4CCN(CCO)CC4)cc(C(F)(F)F)c3)cc(C(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20423 COc1cccc(-c2cc(C(=O)Nc3cc(N4CCN(CCOC(C)CC(=O)O)CC4)cc(C(F)(F)F)c3)cc(C(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20424 Cc1c(C(=O)Nc2cc(Nc3ccc(Cl)c(N4CCN(C)CC4)c3)c(C(=O)O)cn2)cccc1C(F)(F)F AlphaDrug 6UDU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20425 CN1CCN(c2cc(NC(=O)Nc3cccc4ccccc34)cc3ccccc23)CC1 AlphaDrug 6UDU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20426 CC(C)c1cc(N2CCN(C)CC2)cc(Nc2cc(NC(=O)c3cccc4ccccc34)ncn2)n1 AlphaDrug 6UDU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20427 CN1CCC2(CC2)Nc2cc(Nc3cc(C(F)(F)F)ccc3OC(F)(F)F)ccc2C1 AlphaDrug 6UDU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20428 CN1Oc2cc(Nc3ccc(-c4cc(N)nc5nc(C(C)(C)C)ccc45)cc3)ccc2N=C1N AlphaDrug 6UDU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20429 CN1CCN(c2cc(NC(=O)Nc3cc4ccccc4s3)nc(NC(C)(C)C)n2)CC1 AlphaDrug 6UDU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20430 Cc1cc(Nc2cc(NC(=O)c3cccc4ccccc34)ncn2)cc(N2CCN(C)CC2)c1 AlphaDrug 6UDU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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