Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
20461	Nc1nc(C#CCCCOc2cccc(C(=O)O)c2)nc2c1c(C1CC1)nn2-c1ccc(C(=O)O)cc1	AlphaDrug	6ELP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20462	NS(=O)(=O)Nc1nc(-c2ccc(N3CC=NCC3)cc2)nc2ccccc12	AlphaDrug	6ELP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20463	CN1CCN(c2ccc(-c3c(C(C)(C)C)cnc4nc(-c5cc(C(C)(C)O)ccc5C(F)(F)F)[nH]c34)cn2)CC1	AlphaDrug	6OQB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20464	CC(NC(=O)c1cnc2c(c1)[nH]c1cc(-c3ccnc4ccccc34)ccc12)c1cccc(N)c1O	AlphaDrug	6OQB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20465	CC1(C)CCC(NC(=O)c2ccc3nc(N)c(-c4ccc(C(=O)O)cc4)nc3c2)CC1	AlphaDrug	6OQB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20466	CN1CCn2ncc(-c3cc(N)nc(-c4ccc(C(=O)NCC5CC5)cc4)c3)c2C1	AlphaDrug	6OQB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20467	CN1CCN(c2ccc(-c3c(C(=O)O)cnc4nc(-c5cc(-c6ccccc6)cnc5CO)[nH]c34)cn2)CC1	AlphaDrug	6OQB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20468	CC(NC(=O)c1cccc(N2C=CN(C)CC2)c1)c1cc(C(=O)NCC(C)(C)C(=O)O)ccc1OC(F)(F)F	AlphaDrug	6OQB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20469	CN1CCN(c2ccc(-c3c(-c4ccccc4)cnc4nc(-c5cc(C(F)(F)F)ccc5C(F)(F)F)[nH]c34)cn2)CC1	AlphaDrug	6OQB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20470	CN1CCN(c2ccc(C(=O)NCc3ccc(-c4ccc5nc(N)ccc5c4)nc3)cc2)CC1	AlphaDrug	6OQB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20471	CN1CCN(c2ccc(-c3c(C(=O)O)cnc4nc(-c5cc(F)cc(Cl)c5)[nH]c34)cn2)CC1	AlphaDrug	6OQB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20472	CN1CCN(c2ccc(-c3c(C(=O)O)cnc4nc(-c5cncc(C(C)(C)O)c5)[nH]c34)cn2)CC1	AlphaDrug	6OQB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20473	Cc1ccc(Oc2ccc3c(NCc4ccccc4)cccc3c2)cc1	AlphaDrug	5UMX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20474	Cc1ccc(Oc2cccc(C(=O)N3CCC(c4cccc(O)c4)CC3)c2)cc1C(=O)O	AlphaDrug	5UMX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20475	Cc1ccc(Oc2ccc3c(O)cccc3c2)cc1S(=O)(=O)c1ccc(O)c(O)c1	AlphaDrug	5UMX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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