DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
20476 Cc1ccc(Oc2ccc3c(O)cc(C(=O)NCCC(=O)O)cc3c2)cc1 AlphaDrug 5UMX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20477 Cc1ccc(Oc2ccc3c(O)cccc3c2)cc1C(=O)c1ccc(C(F)(F)F)cc1C(=O)O AlphaDrug 5UMX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20478 Cc1ccc(Oc2ccc3ccccc3c2)c2ccccc12 AlphaDrug 5UMX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20479 Cc1ccc(Oc2ccc3c(O)cccc3c2)cc1S(=O)(=O)c1ccc2cc(O)ccc2c1 AlphaDrug 5UMX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20480 Cc1ccc(Oc2ccc3ccccc3c2CC(=O)O)cc1 AlphaDrug 5UMX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20481 Cc1ccc(Oc2ccc3c(O)cccc3c2)cc1S(=O)(=O)c1ccc2cc(OCC(F)(F)F)ccc2c1 AlphaDrug 5UMX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20482 Cc1ccc(Oc2ccc3c(O)cccc3c2)cc1S(=O)(=O)c1cccc(NC(=O)c2ccc(-c3ccccc3)cc2)c1 AlphaDrug 5UMX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20483 CC(CC(=O)O)C1CCN(C(=O)c2ccc(C(=O)Nc3ccc(Cl)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 4O05 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20484 CC(C)(C)CNC(=O)c1nc2ccc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)cc2c(=O)[nH]1 AlphaDrug 4O05 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20485 CC(C)N(CC1CC=CCC1)C(=O)c1ccc(C(=O)Nc2ccc(C(=O)O)cc2)cc1 AlphaDrug 4O05 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20486 CC(C)C(=O)Nc1nc2ccc(-c3ccc([N+](=O)[O-])cc3)cc2c(=O)[nH]1 AlphaDrug 4O05 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20487 CC(C)C(=O)Nc1nc2ccc(-c3ccc4c(c3)OCCO4)cc2c(=O)[nH]1 AlphaDrug 4O05 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20488 CC(C)C(=O)Nc1nc2ccc(-c3c(Cl)ccc(Cl)c3F)cc2c(=O)[nH]1 AlphaDrug 4O05 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20489 CC(C)C(=O)Nc1nc2ccc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)cc2c(=O)[nH]1 AlphaDrug 4O05 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
20490 CC(C)C(=O)Nc1nc2ccc(-c3ccc(Cl)cc3)cc2n1CCCCOc1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 4O05 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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