Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
20551	CN(C)C(=O)N1CCCN(c2ccc(-c3cccc(Cl)c3)cc2OCc2cnc[nH]2)CC1	AlphaDrug	4LLK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20552	CN(C)C(=O)N1CCCN(c2ccc(-c3cc(COc4ccc(C(F)(F)F)cc4)cc(C(F)(F)F)n3)cc2)CC1	AlphaDrug	4LLK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20553	COC(Cn1c(=O)n(C(=O)c2ccc(O)c(NC3CCCCCCC3)c2)c2ccccc21)C(=O)NC(=O)OS(=O)(=O)c1ccccc1	AlphaDrug	6U8B	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20554	Cc1ccc(N2CC(NC(=O)c3cc4ccccc4[nH]3)CC2=O)cc1NC(=O)NC(CC(C)C)C(=O)NCc1cccc2ccccc12	AlphaDrug	6U8B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20555	COc1ccc(C(=O)n2c(=O)n(CC(OC)C(=O)NC(C)=O)c3ccccc32)c(-c2ccccc2)c1	AlphaDrug	6U8B	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20556	COC(Cn1c(=O)n(C(=O)c2ccc(O)c(Cl)c2)c2ccccc21)C(=O)NCC(=O)O	AlphaDrug	6U8B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20557	COC(Cn1c(=O)n(C(=O)c2ccc(O)c(-c3ccccc3)n2)c2ccccc21)C(=O)NC(C)C	AlphaDrug	6U8B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20558	COC(Cn1c(=O)n(C(=O)c2ccc(C)c(C)c2)c2ccccc21)C(=O)Nc1cc(S(N)(=O)=O)ccn1	AlphaDrug	6U8B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20559	COC(Cn1c(=O)n(C(=O)c2ccc(O)c(NC3CC/C=C\CCC3)c2)c2ccccc21)C(=O)NC(=O)OCc1cccc2ccccc12	AlphaDrug	6U8B	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20560	COC(Cn1c(=O)n(C(=O)c2ccc(O)c(NC3CC/C=C\CCC3)c2)c2ccccc21)C(=O)NC(=O)Nc1ccccc1	AlphaDrug	6U8B	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20561	COC(Cn1c(=O)n(C(=O)c2ccc(O)c(NC3CCCCCCC3)c2)c2ccccc21)C(=O)Nc1cccc(S(=O)(=O)O)c1	AlphaDrug	6U8B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20562	COC(Cn1c(=O)n(C(=O)c2ccc(O)c(NC3CCCCCCC3)c2)c2ccccc21)C(=O)Cc1ccccc1	AlphaDrug	6U8B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20563	CNC1CC2OC(C)(C1OC)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	6IDB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20564	CNC1CC2OC(C)(C1OC)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	6IDB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20565	COc1ccc(-c2cc3c(cc2C(=O)NC(=O)NCCOc2ccc(-c4ccccc4)cc2)OCCC3)cc1	AlphaDrug	6IDB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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