Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
20581	CC(C)CC(NC(=O)c1ccc(-c2ccc(N3CCN(C(=O)c4ccccc4)CC3)cc2)cc1)C(=O)O	AlphaDrug	5HTL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20582	Cc1ccc(-c2ccc(C(=O)NC(CC(C)C)C(N)=O)cc2)cc1C	AlphaDrug	5HTL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20583	c1ccc(Cc2cccc(-c3ccnc4c(-c5cnn[nH]5)cccc34)c2)cc1	AlphaDrug	5DQF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20584	CCOc1ccc(CNC(=O)c2cc3cc(-c4ccnc(C)c4)ccc3[nH]c2=O)cc1	AlphaDrug	5DQF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20585	c1ccc2cc(Cc3ccncc3-c3cnn[nH]3)ccc2c1	AlphaDrug	5DQF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20586	O=C1Cc2cc(Nc3nccc(Cc4ccc5ccccc5c4)n3)ccc2CN1	AlphaDrug	5DQF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20587	O=C(NCC1CCCCC1)c1ccc2cc(Cc3ccns3)ccc2c1	AlphaDrug	5DQF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20588	c1ccc2cc(Cc3ccnc(Nc4ccc(Cc5ccc(NC6CC6)nn5)cc4)n3)ccc2c1	AlphaDrug	5DQF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20589	c1ccc(Cc2ccc(Nc3cc(Cc4ccc5ccccc5c4)ccn3)cc2)cc1	AlphaDrug	5DQF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20590	c1cncc(Cc2ccc(Nc3nccc(Cc4ccc5ccccc5c4)n3)cc2)c1	AlphaDrug	5DQF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20591	c1cn(Cc2ccnc(Nc3ccc(N4CCCCCC4)cc3)n2)cn1	AlphaDrug	5DQF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20592	O=C(O)c1ccc(-c2cc(N3CCC(NC4CC4)CC3)nc3c(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)cccc23)cc1	AlphaDrug	6K3L	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20593	O=C(O)c1ccc(-c2cc(N3CCC(O)CC3)nc3c(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)cccc23)cc1	AlphaDrug	6K3L	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20594	O=C(O)c1ccc(-c2cc(N3CCC(N4CCCCC4)C3)nc3c(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)cccc23)cc1	AlphaDrug	6K3L	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
20595	O=C(O)c1ccc(-c2cc(N3CCC(N4CCNCC4)CC3)nc3c(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)cccc23)cc1	AlphaDrug	6K3L	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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