DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
22006 CCOc1ccc([SH](C)(=O)N2CCN(c3ccc(-c4cccc(NC(=O)CC5CC5)c4)cc3Cl)CC2)cc1 AlphaDrug 5AEH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
22007 CCOc1ccc([SH](C)(=O)NC(=O)C2C=CN(c3ccc(-c4cccnc4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5AEH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
22008 CCOc1ccc([SH](C)(=O)N2CCN(C(=O)Nc3cccc(NC4CCCCC4)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 5AEH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
22009 CCOc1ccc([SH](C)(=O)N2CCC(Oc3cccc(NC(=O)c4ccc(N5CCOCC5)cc4)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 5AEH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
22010 CCOc1ccc([SH](C)(=O)Nc2cccc(CN3CCC(N4CCCC4)CC3)c2)cc1 AlphaDrug 5AEH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
22011 CCOc1ccc([SH](C)(=O)N2CCC(Oc3ccc(F)c(C(=O)O)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 5AEH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
22012 CCOc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(Nc3ccc4c(c3)CCCO4)CC2)cc1 AlphaDrug 5AEH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
22013 CCOc1ccc([SH](C)(=O)N(C(=O)Nc2cccc(CCCCCN3CCCC3)c2)C(C)C)cc1 AlphaDrug 5AEH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
22014 CCOc1ccc([SH](C)(=O)N2CCN(c3ccc(C(=O)NC4CCC(O)C4)cc3C(F)(F)F)CC2)cc1 AlphaDrug 5AEH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
22015 CCOc1ccc([SH](C)(=O)N2CCC(Oc3cc(OCC4CCCC4)c[nH]3)CC2)cc1 AlphaDrug 5AEH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
22016 CCOc1ccc([SH](C)(=O)N2CCC(Oc3ccc(-c4nccnc4C)cc3F)CC2)cc1 AlphaDrug 5AEH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
22017 CCOc1ccc([SH](C)(=O)N2CCC(Oc3ccc(C(=O)Nc4cccc(N(C)Cc5ccccn5)c4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5AEH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
22018 CCOc1ccc([SH](C)(=O)N2CCN(Cc3cccc(NC(=O)c4ccc(C(F)(F)F)cc4)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 5AEH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
22019 CCOc1ccc([SH](C)(=O)N2CCC(Oc3ccc(C(=O)Nc4cccnc4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5AEH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
22020 CCOc1ccc([SH](C)(=O)N2CCN(c3ccc4ccccc4c3)CC2)cc1 AlphaDrug 5AEH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

22006 to 22020 of 73725 items. Total 4915 pages.