DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
21976 Nc1nc(NCc2ccc(C(=O)N3CCOC(c4ccc(C(F)(F)F)cc4)C3)cc2)nc(-c2ccc(F)cc2)n1 AlphaDrug 6NMB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21977 CC(C)CC(NC(=O)Nc1cc(-c2cccc(C(F)(F)F)n2)ncc1O)C(=O)Nc1cc(C(F)(F)F)nc(N)c1C(=O)O AlphaDrug 6NMB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21978 CC(C)CC(NC(=O)Nc1cc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)ncc1O)C(=O)Nc1cc(=O)[nH]c2cc(F)ccc12 AlphaDrug 6NMB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21979 CC(C)CC(NC(=O)Nc1cc(-c2cccc(C(F)F)n2)ncc1O)C(=O)Nc1cc(N)nc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 6NMB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21980 CC(C)(C)c1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc3ccccc3c2)cc1OCC(=O)O AlphaDrug 5AVF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21981 CC(C)(C)c1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc3cc(F)c(F)cc3c2)cc1 AlphaDrug 5AVF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21982 CC(C)(C)c1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc3cc(CNC(=O)CCCCC(=O)O)ccc3c2)cc1 AlphaDrug 5AVF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21983 CC(C)(C)c1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc3ccccc3c2)cc1OCc1ccccc1 AlphaDrug 5AVF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21984 CC(O)(CNC(=O)c1cc(NS(=O)(=O)c2ccc3ccccc3c2)ccc1C(C)(C)C)C(=O)O AlphaDrug 5AVF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21985 Cc1cc(C)c2cc(S(=O)(=O)Nc3ccc(C(C)(C)C)cc3)ccc2c1 AlphaDrug 5AVF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21986 CC(C)(Cc1cccc(O)c1)N(Cc1ccc(O)cc1)S(=O)(=O)c1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 5AVF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21987 CC(C)(C)c1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc3cc(NC(=O)CCC(=O)O)ccc3c2)cc1 AlphaDrug 5AVF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21988 CC(Cc1ccc(O)cc1)c1nc(-c2ccc(OCC(=O)O)cc2)no1 AlphaDrug 5AVF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21989 CC(C)(C)c1ccc(NS(=O)(=O)c2cc(C(=O)NCC(=O)O)cc(-c3ccc(C(F)(F)F)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 5AVF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21990 COc1ccc(CNc2nc(N)nc(NC3CCCCC3)n2)cc1OC AlphaDrug 5OM2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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