DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
21931 CS(=O)(=O)NCCNCC1CCN(c2cc(-c3ccc(C(=O)NO)cc3)cc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 5AYT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21932 CS(=O)(=O)NCCNCC1CCN(c2cc(-c3nccs3)cc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 5AYT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21933 CS(=O)(=O)NCCNCC1CCN(c2cc(-c3cnccn3)cc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 5AYT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21934 CS(=O)(=O)NCCNCC1CCN(C(/C=C/c2ccc(C(F)(F)F)cc2)c2ccccc2)CC1 AlphaDrug 5AYT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21935 CS(=O)(=O)NCCNCC1CCN(c2cc(-c3ccc(CN4CCN(c5ccccc5)CC4)cc3)cc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 5AYT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21936 O=C(NCc1ccccn1)Nc1ccc(-c2nc(Nc3ccc([N+](=O)[O-])cc3)c3ccccc3n2)cc1 AlphaDrug 5AYT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21937 CS(=O)(=O)NCCNCC1CCN(c2cc(-c3ccc(-c4ccc(C(=O)O)cc4)cc3)cc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 5AYT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21938 CS(=O)(=O)NCCNCC1CCN(c2cc(-c3nnc(C4CC4)[nH]3)cc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 5AYT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21939 CS(=O)(=O)Nc1cccc(CN2C(=O)c3ccc(C(F)(F)F)cc3C2=O)c1 AlphaDrug 5AYT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21940 COC(C)c1ccc(-c2nnc(Nc3ccc(C)c(S(C)(=O)=O)c3)c(NC3CC3)n2)cc1 AlphaDrug 5EVZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21941 COc1nc(C(=O)Nc2ccc(Cl)cn2)ncc1-c1ccnc(NC2CC(OC)N(C)C2)c1 AlphaDrug 5EVZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21942 COC(=O)C1CC(c2ccc(-c3nc(C4(C)CC4)no3)cc2)CN(c2ccc(Cl)cc2)C1 AlphaDrug 5EVZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21943 COC(C)c1cnc(NC(=O)Nc2ccc(-c3nc(NC4CC4)c4ncccc4n3)cc2)cn1 AlphaDrug 5EVZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21944 Cc1ccc(NC(=O)N2CCC(N3CCN(c4cccc(Cl)c4Cl)CC3)CC2)nc1-c1ccc(OC(C)C)cc1 AlphaDrug 5EVZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21945 COc1ccc(OC)c(OC)c1CN1CCC(NC(=O)c2ccc(-c3ccc(Cl)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 5EVZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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