DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
21901 Cc1ccc(-n2ncc(C3(N(C)C(=O)C(=O)NC(C)(C)C)CC3)n2)cc1 AlphaDrug 6R1B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21902 Cc1ccc(Nc2ccccc2)cc1NC(=O)c1ccc(N2CCNCC2)s1 AlphaDrug 6R1B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21903 Cc1ccc(-n2nc(-c3cnc(C(F)(F)F)s3)cc2NC(=O)Nc2ccc(Cl)cc2)cc1 AlphaDrug 6R1B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21904 Cc1ccc(-n2nc(-c3ccc(F)cc3)cc2NC(=O)Nc2ccc(OCC(=O)O)cc2)cc1 AlphaDrug 6R1B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21905 Cc1ccc(-n2nc(C(F)(F)F)cc2NC(=O)Nc2ccc(Oc3ccccc3)c3cccnc23)cc1 AlphaDrug 6R1B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21906 Cc1ccc(-n2nc(C(F)(F)F)cc2NC(=O)Nc2ccc(Oc3ccccc3F)c3cccnc23)cc1 AlphaDrug 6R1B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21907 Cc1ccc(-c2ccc(F)cc2)cc1NC(=O)CSc1ccc(-n2cnc3ccccc32)cc1 AlphaDrug 6R1B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21908 Cc1ccc(-n2nc(-c3ccncc3)cc2NC(=O)Nc2ccc(Cl)c(NC3CCCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 6R1B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21909 Cc1ccc(-n2nc(-c3ccnc4[nH]c(=O)ccc34)cc2NC(=O)Nc2ccc(OC(F)(F)F)cc2)cc1 AlphaDrug 6R1B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21910 CCC1=C(C/C=C/c2ccccc2-c2ccccc2)c2nc(-c3ccc(-c4ccccc4)cc3)ccc21 AlphaDrug 5U28 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21911 CCc1c(C/C=C/c2ccccc2-c2ccccc2)[nH]c2cc(-c3ccc(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)cc3)ccc12 AlphaDrug 5U28 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21912 CCc1c(C)c2n(C)cc(-c3ccc(C(F)(F)F)cc3)nc-2c1C/C=C/c1ccccc1-c1cccc(OCC(N)=O)c1 AlphaDrug 5U28 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21913 CCc1c(C/C=C/c2ccccc2-c2ccccc2)[nH]c2ccc(C(=O)N3CCC(NC(=O)C4CC4)CC3)cc12 AlphaDrug 5U28 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21914 CCC1=C(\C(F)(F)F)c2ccccc2-c2ccc(cc2)N2C(C)=CC(C)=N\C2=C\1C/C=C/c1ccccc1-c1cccc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 5U28 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21915 CCc1cc(C(=O)N2C=CC(N3CCN(C)CC3)CC2)nc(-c2ccc(OCC(F)(F)C(F)(F)F)cc2)c1NC(=O)N1CCCC1 AlphaDrug 5U28 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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