DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
21916 CCc1c(C(=O)N2CC=CC(C)CC2)c2cc(-c3ccc(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)cc3)ccc2n1C AlphaDrug 5U28 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21917 CCc1c(C/C=C/c2ccccc2-c2ccccc2)[nH]c2cc(-c3ccc(C(N)=O)cc3)ccc12 AlphaDrug 5U28 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21918 CCC1=C(C/C=C/c2cccc(C(=O)O)c2)c2nn(CC3CCN(C)CC3)c(=O)n21 AlphaDrug 5U28 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21919 CCc1c(C/C=C/c2ccccc2-c2ccccc2)[nH]c2cc(-c3ccc(-c4cccc(N5CCN(CC(C)C)CC5)c4)cc3)ccc12 AlphaDrug 5U28 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21920 CN(Cc1ccc(OC(F)(F)F)cc1)C(=O)c1ccc(NC(=O)c2ccc(Cl)cc2)cc1 AlphaDrug 4OMC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21921 CN(Cc1ccc(-c2ccc(OCCN3CCCCC3)cc2)cc1)C(=O)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 4OMC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21922 CN(Cc1ccc(-c2cccs2)cc1)C(=O)c1ccc(N)c(-c2ccc(C(=O)O)cc2)c1 AlphaDrug 4OMC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21923 CN(Cc1ccc2ccccc2c1)C(=O)c1cc(Cl)cc(-c2ccc(Cl)cc2)c1 AlphaDrug 4OMC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21924 CN(Cc1ccc2ccccc2c1)C(=O)c1ccc(OC2CCN(C(=O)c3ccc(Cl)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 4OMC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21925 CN(c1ccc(N2CCN(c3ccccc3)CC2)cc1)C1CCN(c2ccc(C(=O)NC3CCCCC3)cn2)CC1 AlphaDrug 4OMC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21926 CN(Cc1ccc2ccccc2c1)C(=O)c1ccc(N)c(OC2CC2)c1 AlphaDrug 4OMC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21927 CN(Cc1ccc2ccccc2c1)C(=O)c1cc2cc(O)ccc2[nH]1 AlphaDrug 4OMC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21928 CN(Cc1ccc2ccccc2c1)C(=O)c1ccc(OC(=O)c2ccc(Cl)cc2)cc1 AlphaDrug 4OMC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21929 CN(Cc1ccc2ccccc2n1)C(=O)c1ccc(N)c(-c2ccc(N3CCN(c4ccccn4)CC3)cc2)c1 AlphaDrug 4OMC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21930 CS(=O)(=O)NCCNCC1CCN(c2cc(-c3ccc(F)c4c(N)ncnc34)cc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 5AYT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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