Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
21961	CO/C1=C/C=C(/c2c[nH]c3ccc(Cl)cc23)Cn2cc(nn2)-c2ccc(cc2)C2(CCCCC2)C(=O)NCC1	AlphaDrug	6EJ3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21962	COc1cc(-c2cc(F)ccc2Cl)ccc1N1CCC(C(=O)O)C1	AlphaDrug	6EJ3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21963	COc1ccc(Cn2cc(-c3ccc(CN4CCN(c5ccccn5)CC4)c4ccccc34)nn2)c(F)c1	AlphaDrug	6EJ3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21964	COc1ccc(Cn2ccc3ccc(C(N)=O)cc32)cc1Cl	AlphaDrug	6EJ3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21965	COc1ccc(Cn2cc(-c3ccc(F)c(Cl)c3)nn2)c(N2CCN(C(C)=O)CC(O)C2)c1	AlphaDrug	6EJ3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21966	COc1ccc(Cn2cc(-c3ccc(CN4CCN(c5ccccc5)CC4)c4ccccc34)nn2)cc1F	AlphaDrug	6EJ3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21967	COc1cc(-c2ccc(Cl)cc2)ccc1N1CCN(c2ncnc3cc(C(N)=O)ccc23)CC1	AlphaDrug	6EJ3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21968	COc1ccc(Cn2cc(-c3ccc(CN4C=CN(S(=O)(=O)c5cccc(Cl)c5)CC4)c4ccccc34)nn2)cc1	AlphaDrug	6EJ3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21969	COc1ccc(Cn2cc(-c3ccc(CN4CCCN(c5cccc(Cl)c5)CC4)c4ccccc34)nn2)cc1	AlphaDrug	6EJ3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21970	CC(C)CC(NC(=O)Nc1cc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)ncc1O)C(=O)Nc1nc(-c2ccc(F)cc2)cs1	AlphaDrug	6NMB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21971	CC(C)CC(NC(=O)Nc1cc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)ncc1O)C(=O)Nc1cc(=O)[nH]c2cc(O)ccc12	AlphaDrug	6NMB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21972	CC(C)CC(NC(=O)Nc1cc(-c2cccc(C3CCCCC3)n2)ncc1O)C(=O)Nc1nc(N)nc(N)c1F	AlphaDrug	6NMB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21973	CC(C)CC(NC(=O)Nc1cc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)ncc1O)C(=O)Nc1ccc(S(C)(=O)=O)cc1	AlphaDrug	6NMB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21974	Cc1cccc(O)c1C(CC(C)C)NC(=O)Nc1cc(-c2cccc(-c3ccc(F)cc3)c2)ncc1O	AlphaDrug	6NMB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21975	CC(C)CC(NC(=O)Nc1cc(-c2ccc(C(=O)NCc3ccccc3)c(F)c2)ncc1O)C(=O)NCC(=O)N1CCCC(O)CC1	AlphaDrug	6NMB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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