Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
21886	O=C(O)c1ccc(-c2ccc(S(=O)(=O)N3CCC(c4ccc(C(F)(F)F)cc4)CC3)cc2)cc1	AlphaDrug	4OWV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21887	O=C(O)c1ccc(-c2ccc(S(=O)(=O)N3CCCN(Cc4ccc(-c5ccccc5)cc4)CC3)cc2)cc1	AlphaDrug	4OWV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21888	O=C(O)c1ccccc1CCCN1CCN(c2nc3ccc(Cl)cc3s2)CC1	AlphaDrug	4OWV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21889	O=C(O)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCNC(=O)c3cc(C(F)(F)F)ccc32)cc1	AlphaDrug	4OWV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21890	COC(=O)c1ccc(C)c(C(=O)NC(CC2CCCCC2)c2ccc(OC)cc2)c1	AlphaDrug	6B97	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21891	COc1ccc(C(CC2CCCCC2)NC(=O)c2cc(-c3cccc4cnccc34)ccc2N)cc1	AlphaDrug	6B97	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21892	COc1ccc(C(CC2CCCCCC2)NC(=O)NC(CC(C)C)C(=O)Nc2nc3ccccc3s2)cc1	AlphaDrug	6B97	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21893	COc1ccc(C(CC2CCCCC2)NC(=O)c2cc(-c3cccc4cnc(N)nc34)ccc2C)cc1	AlphaDrug	6B97	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21894	COc1ccc(C(CC2CCCCC2)NC(=O)c2cc(C(CC(=O)NO)Nc3cccc(Cl)c3)ccc2C)cc1	AlphaDrug	6B97	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21895	COc1ccc(C(CC2CCCCC2)NC(=O)c2cc(CO)c(C(=O)NO)cc2F)cc1	AlphaDrug	6B97	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21896	CC1CC(c2cccc(-c3cccc4ccccc34)c2)CCN1C(=O)c1cc2ccccc2[nH]1	AlphaDrug	6B97	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21897	COc1ccc(C(=O)c2[nH]c(-c3ccc(F)cc3)nc2C(=O)N2CCC(N3C=CC(N4CCCCC4)CC3)CC2)cc1	AlphaDrug	6B97	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21898	CCC(CC)N1C(=O)CN(c2ccc(Oc3ccccc3)c(C(=O)Nc3cccc(O)c3)c2)CC1=O	AlphaDrug	6B97	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21899	COC(=O)c1cn(C2CCC(NC(=O)c3ccc4ccccc4c3)CC2)c2ccccc12	AlphaDrug	6B97	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
21900	Cc1cc(C(=O)NCC(=O)O)ccc1NC(=O)Nc1ccc(OCc2ccccn2)cc1	AlphaDrug	6R1B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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