DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
21871 Cc1ccc(F)cc1-c1nnc(-c2ccc(Cl)cc2)o1 AlphaDrug 5NKB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21872 Cc1ccc(-c2cnc(-c3ccc(C(C)(C)C#CC(=O)O)cc3)o2)cc1 AlphaDrug 5NKB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21873 Cc1ccc(Cl)cc1C(C)(C)C(=O)NC1CCCCCC1C(=O)NC(C)(C)C AlphaDrug 5NKB ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21874 Cc1ccc(-c2ccc(C(C)(C)C)cc2)cc1NC(=O)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 5NKB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21875 Cc1ccc(C)c(NC(=O)c2ccc(N3CCCC(C(=O)NCCO)C3)cc2)c1 AlphaDrug 5NKB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21876 Cc1cccc(F)c1NC(=O)c1ccc(N2CCCC(Oc3ccccc3)C2)cc1 AlphaDrug 5NKB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21877 Cc1ccc(C(=O)Nc2ccc(Cl)c(Cl)c2)nc1 AlphaDrug 5NKB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21878 Cc1ccc(C(C)(CC(=O)NC2CCCC2)N(C)C(=O)c2ccc(Cl)c(Cl)c2)cc1 AlphaDrug 5NKB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21879 Cc1ccc(-c2cc(-c3ccc(Cl)cc3)ccc2NC(=O)C2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 5NKB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21880 O=C(O)c1ccc(-c2ccc3c(c2)C2(CCCC2)NC(=O)C3O)cc1 AlphaDrug 4OWV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21881 O=C(O)c1ccc(-c2ccc(S(=O)(=O)N3CCN(c4ccc5ccc(Cl)cc5c4)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 4OWV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21882 O=C(O)c1ccc(-c2ccc(S(=O)(=O)NC3(c4ccc(Cl)cc4)CCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 4OWV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21883 O=C(O)c1ccc(-c2ccc(S(=O)(=O)N3CCC(C(=O)O)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 4OWV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21884 O=C(O)c1ccc(-c2ccc(S(=O)(=O)N3CCCC(c4ccc(Cl)cc4)C3)cc2)cc1 AlphaDrug 4OWV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21885 O=C(O)C1CN(C(=O)c2ccc(S(=O)(=O)N3CCN(c4ccc(C(F)(F)F)cc4)CC3)cc2)C1 AlphaDrug 4OWV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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