DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
21811 Cc1cc(Nc2nc(-c3ccccc3)cs2)nn1-c1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 4O3F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21812 Cc1cc(C)cc(-n2nnc3c(-c4cccc(C(N)=O)c4)cc(F)cc32)c1 AlphaDrug 4O3F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21813 Cc1cc(-c2ccc(C(=O)NCCCCC(=O)O)cc2)cc(-c2cnn(C)c2)n1 AlphaDrug 4O3F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21814 Cc1cc(C)cc(-n2nnc3c(-c4ccc(N5CCNCC5)cc4)cccc32)c1 AlphaDrug 4O3F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21815 Cc1cc(C)cc(-n2nnc3c(C4=C/C(O)(C(F)(F)F)CN/C(c5ccccc5)=C/C=C\4)cc(Cl)cc32)c1 AlphaDrug 4O3F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21816 Cc1cc(C)cc(-n2nnc3c(-c4cccc(NC(=O)Nc5cccc(-c6ccc(C(=O)O)cc6)c5)c4)cc(Cl)cc32)c1 AlphaDrug 4O3F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21817 Cc1cc(C)cc(-n2nnc3c(-c4ccccc4)cc([N+](=O)[O-])cc32)c1 AlphaDrug 4O3F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21818 Cc1cc(C)cc(-n2nnc3c(-c4cccc(NC(=O)Nc5ccc(-c6ccccc6)cc5)n4)cc(Cl)cc32)c1 AlphaDrug 4O3F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21819 Cc1cc(C)cc(-n2nnc3c(-c4nnn[nH]4)cc(Cl)cc32)c1 AlphaDrug 4O3F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21820 CC(C)NC(=O)C(/C=C/S(C)(=O)=O)NC(=O)C(Cc1cccc2ccccc12)NC(=O)c1cc2ccccc2o1 AlphaDrug 6GXB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21821 CC(C)NC(=O)C(NC(=O)C(Cc1cccc2ccccc12)NC(=O)c1cc2ccccc2o1)C(=O)OCc1ccccc1 AlphaDrug 6GXB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21822 CC(C)NC(=O)C(NC(=O)C(Cc1cccc2ccccc12)NC(=O)c1cc2ccccc2o1)C(=O)CCCCO AlphaDrug 6GXB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21823 CC(C)NC(=O)C(NC(=O)C(Cc1cccc2ccccc12)NC(=O)c1cc2ccccc2o1)C(N)C(=O)O AlphaDrug 6GXB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21824 CC(C)NC(=O)C(NC(=O)C(Cc1cccc2ccccc12)NC(=O)c1ccccn1)C(=O)OCc1ccccc1 AlphaDrug 6GXB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21825 CC(C)NC(=O)C(NC(=O)C(Cc1cccc2ccccc12)NC(=O)C1CCCN1C(=O)c1cccc(O)c1)C(=O)O AlphaDrug 6GXB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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