DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
21766 CC(NC(=O)Nc1ccc(-c2ccc(OCc3ccc(-c4ccccc4)cc3)cc2)cc1)c1cccc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 4U5N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21767 Cc1ccc(COc2ccc(-c3ccc(NC(=O)NC(C)c4ccc(C(F)(F)F)cc4)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 4U5N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21768 CC(NC(=O)c1cc(-c2ccc(F)cc2)c(O)cc1OCC1CCCC1)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 4U5N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21769 CC(NC(=O)Nc1ccc(-c2ccc(OCc3ccc(-c4ccc(F)cc4)nc3)cc2)cc1)c1ccccc1 AlphaDrug 4U5N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21770 COc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc(C4(c5ccccc5)CC4)cc3)c(Cl)c2)c(Cl)c1 AlphaDrug 5NVW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21771 Cc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc(C4(c5cccc(F)c5)CC4)cc3)o2)cc1 AlphaDrug 5NVW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21772 Cc1ccc(S(=O)(=O)c2cc(C)cc(-c3ccc(C4(c5ccccc5)CC4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 5NVW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21773 Cc1ccc(-c2ccc(C)c(NS(=O)(=O)c3ccc(-c4ccccc4C)o3)c2)cc1 AlphaDrug 5NVW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21774 Cc1ccc(C2CCCCC2)cc1NS(=O)(=O)c1ccc(C2CCCC2)cc1 AlphaDrug 5NVW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21775 Cc1ccc(C(F)(F)F)cc1NS(=O)(=O)c1cc(-c2ccc(C3(c4cccc(Cl)c4)CC3)cc2)oc1C AlphaDrug 5NVW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21776 Cc1ccc(-c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccccc2C)o1 AlphaDrug 5NVW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21777 Cc1ccc(C(F)(F)F)cc1NS(=O)(=O)c1cc(-c2ccc(C3(c4ncco4)CC3)cc2)sc1C AlphaDrug 5NVW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21778 Cc1ccc(-c2ccccc2OCCO)cc1NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccccc2C)o1 AlphaDrug 5NVW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21779 Cc1ccc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)cc1NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccccc2OCCC(F)(F)F)o1 AlphaDrug 5NVW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21780 CC(=O)N1CCC(Nc2nc3c(-c4ccc(N5C=CN(C6CC6)C=C5)cc4)cccc3[nH]2)CC1 AlphaDrug 4RHX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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