DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
21826 CC(C)OC(=O)Nc1cc(-c2ccc3ccccc3c2Cl)ccc1C(=O)O AlphaDrug 6GXB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21827 CC(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NC(C(=O)O)C(=O)NC(CC(=O)O)C(=O)NC(C)C AlphaDrug 6GXB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21828 CC(C)NC(=O)C(NC(=O)C(Cc1cccc2ccccc12)NC(=O)c1cc2ccccc2o1)C(=O)OCCCCN(C)C AlphaDrug 6GXB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21829 CC(C)NC(=O)C(NC(=O)c1cc2cc(O)ccc2o1)C1CCC(NC(=O)CNC(=O)c2ccccc2)CC1 AlphaDrug 6GXB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21830 CC(C)(Cc1cccc(Cl)c1)NC(=O)c1cc2c(-c3ccccc3)cnc(N)c2[nH]1 AlphaDrug 4O3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21831 Cc1nc(C)c2c(O/C=C/CN3CCN(c4cc(C(C)(C)C)ccc4C(N)=O)CC3)nccc2n1 AlphaDrug 4O3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21832 CN(CCCNC(=O)c1cccc(N2CCCC2)c1)c1cc(-c2ccc(C(C)(C)C)cc2)no1 AlphaDrug 4O3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21833 Cc1ccc(C(=O)NO)cc1-c1ccc(C)c(-c2ccnc(C(C)(C)C)c2)c1 AlphaDrug 4O3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21834 c1ccc2cc(Cc3ccnc4ccccc34)ccc2c1 AlphaDrug 4O3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21835 CC(C)(C)c1ccc(-c2ccnc(NCCc3ccccc3)n2)cc1 AlphaDrug 4O3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21836 CC(Nc1cc(C(=O)O)cc(-c2ccccc2)c1)c1cccc(Cl)c1 AlphaDrug 4O3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21837 CC(Nc1cc(C(=O)O)cc(-c2ccccc2)c1)c1cccc(Cl)c1 AlphaDrug 4O3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21838 Cn1cnc2c(C(C)(C)C)cc(-c3cccc(NC(=O)Nc4cccc(Cl)c4)c3)cc21 AlphaDrug 4O3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21839 CC(c1cccc(Cl)c1)C(C)(C)OCCC1CCN(c2cccc(Cl)c2)CC1 AlphaDrug 4O3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21840 O=C(O)c1cccc(Oc2ccc(F)cc2NCc2ccc3c(C(F)(F)F)ccc(Cl)c3c2)c1 AlphaDrug 5HWV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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