DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
21856 Cc1ccc(N2CCN(c3nc4cc(-c5ccccc5)ccc4n3-c3ccc(C(=O)NO)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5EN3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21857 Cc1ccc(N2CCN(C(=O)CCC3CCN(c4ccc(Cl)cc4)CC3)CC2)cc1 AlphaDrug 5EN3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21858 Cc1cc(N2CCN(C3CCN(c4ccccn4)CC3)CC2)ccc1-c1ccccc1 AlphaDrug 5EN3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21859 Cc1cc(N2C=CN(C3CCN(c4ccccn4)CC3)CC2)cc(N2CCC3(CCNC3=O)CC2)n1 AlphaDrug 5EN3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21860 COc1ccc(-c2nnc(-c3ccc4c(Cn5ccnc5)cccc4c3)o2)cc1 AlphaDrug 4PHU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21861 COc1ccc(-c2nnc(-c3ccc4ccccc4c3)o2)cc1 AlphaDrug 4PHU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21862 COc1ccc(-c2nnc(-c3cccc(OCCCN4CCN(c5ccc(Cl)cc5)CC4)c3)o2)cc1 AlphaDrug 4PHU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21863 COc1ccc(Cc2cc(NC(=O)c3noc(-c4ccc(OC)cc4)n3)cc(C(F)(F)F)c2)cc1 AlphaDrug 4PHU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21864 COc1ccc(-c2nnc(C3=CCC(NC(=O)NCc4ccccc4)CC3)o2)cc1 AlphaDrug 4PHU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21865 COc1ccc(-c2nnc(-c3ccc(CC(=O)O)c(C)c3)o2)cc1 AlphaDrug 4PHU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21866 COc1ccc(-c2nnc(-c3ccc4ccccc4c3)o2)cc1 AlphaDrug 4PHU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21867 COc1ccc(-c2nnc(-c3cccc(CCC(=O)O)c3)o2)cc1 AlphaDrug 4PHU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21868 COc1ccc(-c2nnc(N3CCC(N4CCN(c5ccc(CC(=O)O)cc5)CC4)CC3)o2)cc1 AlphaDrug 4PHU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21869 COc1ccc(CC(NC(=O)c2ccc(CN3CCCCC3)cc2)C(=O)N2CCc3ccc(OC)cc3C2)cc1 AlphaDrug 4PHU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
21870 Cc1ccc(-c2ccc3c(-c4ccc(F)cc4)cnc(N)c3c2)cc1 AlphaDrug 5NKB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

21856 to 21870 of 73725 items. Total 4915 pages.