DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
3076 Cc1ccc(-c2ccc(-c3cnc(N)c(C(=O)NCc4ccc(F)cc4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5VI6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3077 Cc1cc(CN2C=CN(c3ccc(-c4cnn(C)c4)cc3)CC2)cc(OC(C)C(=O)NCc2ccccc2)c1 AlphaDrug 5VI6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3078 Cc1cc(NC(=O)C2CCCNC2)cc(-c2ccnc(Nc3ccc(C(F)(F)F)cc3)n2)c1 AlphaDrug 5VI6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3079 Cc1cc(Nc2ncc(Cl)c(-c3ccccc3)n2)nc(NC(=O)C2CCCCC2)n1 AlphaDrug 5VI6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3080 Cc1cc(Nc2ncc(-c3ccccn3)cn2)cc(OC(C)C(=O)NCc2ccccc2)c1 AlphaDrug 5VI6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3081 Cc1c(C(=O)O)ccnc1-c1cc2c(cc1C(=O)NC1CCNC1)nc(C)n2C(C)C AlphaDrug 6PY0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3082 Cc1nc2c(-c3cccc(CN4CCCCC4)c3)ccc(NC(=O)NC3C/C=C\CCCC3)c2c(=O)n1C(C)C AlphaDrug 6PY0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3083 Cc1nc2c(-c3cccc(NCCC4CCCCC4)c3)ccc(NC(=O)NC3CCCCCCC3)c2c(=O)n1C(C)C AlphaDrug 6PY0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3084 Cc1nc2c(-c3cccc(NC4CC4)c3)ccc(NC(=O)NCCO)c2c(=O)n1C(C)C AlphaDrug 6PY0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3085 CC(C)CNc1cc(-c2ccc3c(c2)cc(O)n3C)ccc1C(=O)NC1CN(C(C)CCCC(=O)O)C(=O)NC1=O AlphaDrug 6PY0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3086 CC(C)(C)c1cc(CN2CCN(c3ccc(C(=O)O)cc3)CC2)cc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 6PY0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3087 Cc1nc2c(-c3ccc(N4CCN(C(=O)c5cccc(C(F)(F)F)c5)CC4)cc3)ccc(NCc3ccccc3)c2c(=O)n1C(C)C AlphaDrug 6PY0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3088 Cc1nc2c(C3CCCCCC3)ccc(NC(=O)NC3CCCCC3)c2c(=O)n1C(C)C AlphaDrug 6PY0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3089 Cc1nc2c(Cl)cc(-c3nc(C4CCCCCC4)ns3)cc2n1C(C)C AlphaDrug 6PY0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3090 Cc1nc2c(-c3nc(NCc4ccc(O)cc4)ncc3F)cccc2n1C(C)C AlphaDrug 6PY0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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