DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
3121 COc1ccc(-c2ccc(CC(=O)N3CCN(c4ccc(C(=O)NC(C(C)=O)C(C)C)cc4)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 6NP4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3122 COC(=O)N(Cc1ccc(-c2ccc(OC)cc2)cc1)CC(O)C(C)=O AlphaDrug 6NP4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3123 COc1ccc(/C2=C/C=C(/c3ccccc3)CN(CC(O)CNC(=O)c3ccc(C)cc3)C(=O)NC2=O)cc1 AlphaDrug 6NP4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3124 COc1ccc(-c2ccc(CN(CC(O)CNC(=O)c3ccc(Cl)cc3Cl)C(=O)N3CCN(c4ncc(Cl)cn4)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 6NP4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3125 COc1cccc(-c2cc(C(=O)NCC3CCCCC3)ccc2C)c1 AlphaDrug 6NP4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3126 COc1ccc(-c2ccc(CN(CC(O)CNC(=O)c3ccc(Cl)cc3Cl)C(=O)N3CCN(c4ccc(F)cc4Cl)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 6NP4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3127 COc1ccc(-c2ccc(CN(CC(O)CNC(=O)c3cccc(Cl)c3)C(=O)O)cc2)cc1 AlphaDrug 6NP4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3128 COc1ccc(-c2cc3cc(CN(Cc4ccccc4)CC(O)CNC(=O)c4ccc(Cl)cc4Cl)ccc3s2)cc1F AlphaDrug 6NP4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3129 COc1ccc(-c2ccc(CCNCC(=O)Nc3ccc(C(F)(F)F)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 6NP4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3130 CN1CCN(Cc2ccc(NC(=O)Nc3ccc(C(C)(C)C)cc3C(F)(F)F)cc2C(=O)NCC(C)(C)C)CC1 AlphaDrug 6UDT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3131 CC(=O)Nc1cccc(C(C)NC(=O)c2cnc3c(c2)[nH]c2cc(-c4ccnc5ccccc45)ccc23)n1 AlphaDrug 6UDT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3132 CN1CCN(Cc2ccc(Nc3nc(-c4ccco4)ccc3C(N)=O)nc2C(F)(F)F)CC1 AlphaDrug 6UDT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3133 CN1CCN(C(=O)NC(C)(C)C)Cc2ccc(NC(=O)Nc3ccc(C(F)(F)F)cc3C(F)(F)F)cc2OC(C)(C)C1 AlphaDrug 6UDT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3134 O=C(NC(CC(=O)N1CCOC1)C(=O)NCc1cccc(Cl)c1)c1ccc(C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 6UDT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3135 CC(C)NC(=O)c1cc(NC(=O)Nc2cccc(C(F)(F)F)c2C(F)(F)F)ccc1CN1CCN(C)CC1 AlphaDrug 6UDT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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