DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
3166 CC(C)CC(NC(=O)C(NC(=O)c1cc2cc(Cl)ccc2[nH]1)C(=O)N1CCOC(C)(C)C1)C(=O)NC(C(=O)O)C(=O)O AlphaDrug 4CU7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3167 Cc1[nH]ncc1CN1CC(C(C)C(=O)NC(C(=O)O)C(=O)O)C1=O AlphaDrug 4CU7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3168 CC(C(=O)NC(C(=O)O)C(=O)O)C1C(=O)N(c2cnccc2Cl)Cc2ccc(Cl)cc21 AlphaDrug 4CU7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3169 CC(C(=O)NC(C(=O)O)C(=O)O)c1ccc(OC2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 4CU7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3170 CC(=O)NC(=O)C1CCCN1c1ccc(C(=O)N2CCCC(CC(C)(C)C)C2)cc1 AlphaDrug 5EVK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3171 O=C(NCC1CCCCC1)c1ccc(CNCC2CC=CCCC2)cc1 AlphaDrug 5EVK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3172 CC(C)(C)CC(NS(=O)(=O)c1ccn(CC2CCCCC2)c1)C(=O)NC1CCCCC1NC(=O)CNC(=O)c1cccc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 5EVK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3173 CC(NC(=O)C(C)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(CC(N)=O)NS(=O)(=O)c1ccccc1)C(=O)NCC(C)(C)C AlphaDrug 5EVK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3174 CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)c1ccccc1)C(=O)NC(CC(C)(C)C)C(=O)NC1CCCC(C(C)C)C1 AlphaDrug 5EVK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3175 CC(C)(C)CC(NS(=O)(=O)c1ccc2ccccc2c1)C(=O)NC1CCCN(C(=O)c2ccccc2)C1 AlphaDrug 5EVK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3176 O=C(c1ccc(C(F)(F)F)cc1)N1CCCCC1CN1CCNC(O)C1 AlphaDrug 5EVK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3177 CC(C)(C)CC(NC(=O)CN1CCCCC1)C(=O)NC(C(=O)O)C(=O)NCC(=O)NC(C(=O)O)C1CCCCC1 AlphaDrug 5EVK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3178 CC(C)(C)CC(NS(=O)(=O)c1ccc(Cl)cc1)C(=O)NC1CCCCC1NC(=O)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 5EVK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3179 CC(=O)NC(=O)C1CCCN1c1ccc(C(=O)N2CCCC(CCCC(C)(C)C)C2)cc1 AlphaDrug 5EVK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3180 CC(C)Oc1ccc(NC(=O)Nc2ccc(-c3cccc4ccccc34)cc2)cc1O AlphaDrug 6QI7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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