DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
3196 O=C(NC1CC(O)N(S(=O)(=O)c2ccc(-c3cccc4ccccc34)cc2)C1)c1cc(-c2ccccc2)ccc1O AlphaDrug 4U69 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3197 OC1CCc2cc(-c3nnc[nH]3)ccc2C1CCc1cccc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 4U69 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3198 O=C(O)/C1=N/C(C2CCOC2)O/N=C\C2=C1CCC(O)N(C1CCCCC1)C2=O AlphaDrug 4U69 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3199 CN(C)C1CCN(c2cccc(-c3ccc4c(c3)CCC(O)C4CCc3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)CC1 AlphaDrug 4U69 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3200 NS(=O)(=O)c1ccc(CN2CCCC2C(=O)Nc2ccccc2)cc1 AlphaDrug 6JAM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3201 NS(=O)(=O)c1cc(Cl)cc(NS(=O)(=O)c2ccc(Cl)cc2)c1 AlphaDrug 6JAM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3202 NS(=O)(=O)C(NC1CCC(c2ccc(OCC(=O)O)cc2)C1)C(O)CC(Cc1ccccc1)NC(=O)c1ccccc1 AlphaDrug 6JAM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3203 NS(=O)(=O)c1cc(Cl)ccc1-c1cc(OCC(O)c2ccccc2)ccc1OCC(=O)O AlphaDrug 6JAM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3204 NS(=O)(=O)c1ccc(Oc2ccccc2)cc1-c1cc(OCC(=O)O)cc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 6JAM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3205 N#Cc1ccc(OCC(O)c2ccccc2)cc1-c1ccc(S(N)(=O)=O)cc1Cl AlphaDrug 6JAM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3206 NS(=O)(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)OCc1ccccc1 AlphaDrug 6JAM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3207 NS(=O)(=O)Nc1cccc(-c2cc(OCC(O)c3ccccc3)ccc2C#CC(=O)O)c1 AlphaDrug 6JAM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3208 NS(=O)(=O)Cc1cccc(Oc2cccc(-c3ccccc3)c2)c1 AlphaDrug 6JAM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3209 NS(=O)(=O)c1c(F)cccc1-c1cc(OS(=O)(=O)c2ccccc2)ccc1OCC(=O)O AlphaDrug 6JAM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3210 CC(Cc1ccc(O)c(O)c1)Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OCCO4)cccc12 AlphaDrug 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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