Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
3211	CC(Cc1c[nH]c2c(C(=O)O)cccc12)c1ccc2c(c1)CCC(CC(N)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)O)NC(=O)CCCCNC(=O)CCCCCCCCCCCCCO2	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3212	CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OCCO4)cccc12)c1ccc2c(c1)CCCNC(=O)/N=C(/N)C2	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3213	CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)COCN(C)CO4)cccc12)c1ccc(C(N)=O)cc1	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3214	CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)CN(C)CO4)cccc12)c1ccc(C(F)(F)F)cc1	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3215	CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)CCO4)cccc12)c1ccc2c(c1)CCCCO2	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3216	CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OCCO4)cccc12)OCc1ccc(C(=N)N)cc1	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3217	CC(C)C(=O)N1C=CN(Cc2cc(C(C)Cc3c[nH]c4c(-c5ccc6c(c5)OCCO6)cccc34)ccc2Cl)CC1	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3218	CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)CCO4)cccc12)c1ccc2ccccc2c1	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3219	CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)CCCN(C)CO4)cccc12)c1ccc(C(N)=O)cc1	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3220	CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OCCO4)cccc12)Oc1ccc(C(N)=O)cc1Cl	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3221	CC(Cc1c[nH]c2ccc(O)cc12)c1ccc2c(c1)OCC(=O)NC(=O)CCCCCCCCCCCCO2	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3222	CC(Cc1ccc(O)c(O)c1)Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OCO4)cccc12	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3223	CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)CN(C)CO4)cccc12)c1cccc(C(F)(F)F)c1	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3224	CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OCCO4)cccc12)c1ccc2c(c1)OCO2	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3225	CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OCCO4)cccc12)c1ccc2c(c1)CCCOC2	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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