DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
3226 CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OCO4)cccc12)c1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3227 CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OCCO4)cccc12)c1ccc(C(N)=O)cc1 AlphaDrug 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3228 CC(Cc1ccc(C(N)=O)cc1)Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)C=CCO4)cccc12 AlphaDrug 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3229 CC(Cc1ccc(C(N)=O)cc1Cl)Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OCO4)cccc12 AlphaDrug 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3230 CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OCCO4)cccc12)c1ccc(C(=O)O)cc1Cl AlphaDrug 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3231 CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OCCO4)cccc12)c1ccc(Cl)c(C(=N)N)c1 AlphaDrug 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3232 CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OC=CO4)cccc12)c1cccc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3233 CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OCCO4)cccc12)c1ccc2ccccc2n1 AlphaDrug 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3234 CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)C35CCCCC(CCO4)C3CCC5N)cccc12)c1ccc(F)cc1 AlphaDrug 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3235 CC(Cc1ccc(C(N)=O)cc1)Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)CCO4)cccc12 AlphaDrug 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3236 CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OCCO4)cccc12)c1ccc2ccc(N)nc2c1 AlphaDrug 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3237 CC(Cc1c[nH]c2ccc(O)cc12)c1ccc2c(c1)C1(CCCC1)C(N)CCO2 AlphaDrug 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3238 CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OC=CO4)cccc12)c1ccc(C2(C(F)(F)F)CCCC2)cc1 AlphaDrug 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3239 CC(Cc1ccc2cc(OC3CCCN(C(=O)NC4CCCCC4)CC3)ccc2c1)c1cc(C(F)(F)F)cc(C2(C)CC2)c1 AlphaDrug 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3240 CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OCO4)cccc12)c1ccc2c(c1)CCCO2 AlphaDrug 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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