DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
3286 CC(Cc1c[nH]c2ccc(O)cc12)c1ccc2c(c1)CC(C(=O)NC(Cc1cccc(O)c1)C(=O)NCCCc1ccccc1)C(N)CCO2 AlphaDrug 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3287 Cc1cc(C(N)=O)ccc1C(C)Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OCCO4)cccc12 AlphaDrug 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3288 Cc1cc(C(=O)O)ccc1C(C)Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OCCO4)cccc12 AlphaDrug 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3289 CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OCO4)cccc12)c1ccc2ncccc2c1 AlphaDrug 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3290 CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OCCO4)cccc12)c1ccnc2ccccc12 AlphaDrug 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3291 CC(Cc1ccc2cc(OCCCCCC(N)=O)ccc2c1)c1c[nH]c2ncccc12 AlphaDrug 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3292 CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OCCO4)cccc12)c1cccc(C(N)=O)c1 AlphaDrug 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3293 CC(Cc1ccc2cc(O)ccc2c1)c1ccc(S(=O)(=O)C2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3294 Cc1cc(C(F)(F)F)ccc1C(C)Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OCCO4)cccc12 AlphaDrug 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3295 CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)CCCO4)cccc12)c1ccc2c(c1)CCCCC2 AlphaDrug 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3296 CC(Cc1c[nH]c2ccc(O)cc12)c1ccc2c(c1)C1(CCCC1)N(C)C(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)CCCCCCO2 AlphaDrug 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3297 CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OCCO4)cccc12)c1ccc2c(c1)CCCO2 AlphaDrug 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3298 CC(Cc1ccc(C(N)=O)cc1)Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OCO4)cccc12 AlphaDrug 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3299 CC(Cc1ccc2nnn3c(c1)CCCCC1CCN1CCN2CCCOCC(=O)NCCCCCCCCCCCCCCCC3)c1ccc(F)cc1 AlphaDrug 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3300 CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OCCO4)cccc12)c1ccc2ncccc2c1 AlphaDrug 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

3286 to 3300 of 73725 items. Total 4915 pages.