DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
3346 CC(=O)N1CCN(Cc2ccc(NC(=O)c3ccc4c(C(N)=O)cn(C)c4c3)cc2C)CC1 AlphaDrug 6C9V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3347 Cc1cc(NC(=O)c2ccn(C(C)(C)C)n2)ncc1-c1ccc(NC(=O)C2CC2)cc1 AlphaDrug 6C9V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3348 CC(=O)N1C=CN(c2nc(C)cc(NC(=O)c3ccc4cc(C#N)ccc4c3)n2)CC1 AlphaDrug 6C9V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3349 COc1cc(-c2ccc3c(c2)CCC3NC(=O)c2cnn(C)c2)ccc1Nc1ncc(N(C)C)cc1F AlphaDrug 6C9V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3350 Cc1cc(NC(=O)c2ccc3cc(C(N)=O)ccc3c2)ccc1CN1CCN(c2cccc(Cl)c2C)CC1 AlphaDrug 6C9V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3351 Cc1cc(NC(=O)c2ccc3cc(C(N)=O)ccc3c2)ccc1-c1ccc2c(c1)CC(O)CO2 AlphaDrug 6C9V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3352 Cc1cc(NC(=O)c2ccc3nc(-c4cccc(CN5CCCC5)c4)[nH]c3c2)cc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 6C9V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3353 Cc1cc(NC(=O)c2ccc3cc(C(N)=O)ccc3c2)ccc1-c1nn(C)c(=O)[nH]1 AlphaDrug 6C9V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3354 Cc1cc(NC(=O)c2ccc(C(C)(C)C)cc2)ccc1-c1nn(CC(O)C(F)(F)F)c2ncnc(N)c12 AlphaDrug 6C9V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3355 COc1ccccc1C(=O)NC(=O)Cc1ccc(C)c(N2CCC(C(=O)NCc3ccccc3)CC2)c1 AlphaDrug 6D19 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3356 COc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(C(=O)NCc3ccc(N4CCC(C(=O)NCC(=O)N5CCN(c6ccccn6)CC5)CC4)cc3)C2)cc1 AlphaDrug 6D19 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3357 COc1ccc(C(C)(C)C(=O)Nc2ccc(S(=O)(=O)N3CCC(C(=O)NCC(=O)N4CCN(c5ccccn5)CC4)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 6D19 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3358 COc1ccc(C(C)(C)CC(=O)Nc2ccc(N3CCC(C(=O)NCc4ccc5ccccc5c4)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 6D19 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3359 COc1ccc(C2CCCCN2C(=O)c2ccc(N3CCC(NC(=O)OCc4ccccc4)C3)cc2)cc1 AlphaDrug 6D19 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3360 COc1ccccc1S(=O)(=O)Nc1ccc(C2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 6D19 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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