DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
3406 Nc1ccc(-c2ccc(-c3ccc(C(=O)NC4CCCCC4)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 4CRA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3407 Nc1ncc2cc(-c3ccc(N4CCC(Oc5cccc(Cl)c5)CC4)cc3)ccc2n1 AlphaDrug 4CRA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3408 Nc1ncc2cc(-c3ccc(N4CCCC4)cc3)ccc2n1 AlphaDrug 4CRA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3409 Nc1ncc2cc(-c3ccc(N4CCC(NC(=O)Nc5cccc(C(F)(F)F)c5)C4)cc3)ccc2n1 AlphaDrug 4CRA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3410 COc1ccc2cc(-n3cnc4cc(-c5ccc(C(N)=O)cc5)sc43)ccc2c1 AlphaDrug 4CRA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3411 Nc1ncc2cc(-c3ccc(N4CCC(NC(=O)c5cc(C6CC6)on5)CC4)cc3)ccc2n1 AlphaDrug 4CRA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3412 Nc1ncc2cc(-c3csc(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)n3)ccc2n1 AlphaDrug 4CRA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3413 Nc1ncc2cc(-c3ccc(N4CCCN(c5ncc(C(F)(F)F)cn5)C4)cc3)ccc2n1 AlphaDrug 4CRA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3414 Cc1ccc(-c2ccc(C3(C(=O)O)CC3)nc2)cc1-c1ccc(N2CCNC(C)CC2)cc1 AlphaDrug 6G24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3415 CC1CCN(c2ccc(-c3ccc(C(=O)NC(=O)c4cccc5[nH]ccc45)cc3)cc2)CCN1 AlphaDrug 6G24 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3416 CC1CCN(c2ccc(C(=O)NCC(F)(F)F)cc2-c2cccc(C(F)(F)F)c2)CCN1 AlphaDrug 6G24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3417 Cc1cc(Cl)c(OCC(=O)O)cc1-c1ccc(N2CCNC(C)CC2)cc1 AlphaDrug 6G24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3418 Cc1ccc(-c2ccnc(N)c2)cc1-c1ccc(N2CCNC(C)CC2)cc1 AlphaDrug 6G24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3419 CN1CCN(C(=O)c2cc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)ccc2NC(=O)S(C)(C)C)CC1 AlphaDrug 6G24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3420 COc1ccccc1C(=O)NC(=O)c1ccc(-c2ccc(N3CC=NC(C)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 6G24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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