Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
3361	COc1ccc(C(=O)NCC2CN(C(=O)c3ccc(N4CCC(NC(=O)OCc5ccccc5)CC4)cc3)C2)cc1	AlphaDrug	6D19	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3362	COc1ccc(-n2cnc(C(=O)Nc3ccc(S(=O)(=O)N4CCC(C(=O)NCC(=O)O)CC4)cc3C)n2)cc1	AlphaDrug	6D19	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3363	COc1ccc(C2CCCCN2C(=O)OC(=O)C2CCC(NC(=O)c3cccc4ccccc34)CC2)c(Cl)c1	AlphaDrug	6D19	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3364	COc1ccc(C(=O)/N=C/C(=O)N2C=CC(C(=O)N3CCCCC3)CC2)c(S(=O)(=O)N2CCC(OC)C2)c1	AlphaDrug	6D19	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3365	Cc1c(N2CCC(C)N(C(=O)c3cc(-c4ccc(F)cc4)cc(C(F)(F)F)c3)CC2)nnn1C	AlphaDrug	4WOP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3366	CC1CCN(C(=O)c2ccc(O)c3ccccc23)CCN1C(=O)c1cc(-c2ccc(F)cc2)nc(N)n1	AlphaDrug	4WOP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3367	Cc1c(C(=O)N2CCN(c3ccc(Cl)cc3)CCC2C)n[nH]c1C1CC1	AlphaDrug	4WOP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3368	CC1CCN(c2ccc(F)cc2C(F)(F)F)C=CN1C(=O)c1cc(N2CCC(N3CCCC3)CC2)nc(C(F)(F)F)c1	AlphaDrug	4WOP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3369	CC1CCN(C(=O)c2ccc(Cl)cc2)CCN1C(=O)C(Cc1ccc(Cl)cc1)NC(=O)c1cc(F)cc(F)c1	AlphaDrug	4WOP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3370	CC1CCN(c2ccc(Cl)cc2)CCN1C(=O)c1cnn(C2CC2)c1	AlphaDrug	4WOP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3371	CC1CC(NC(=O)C2CCCCN2CCCCC(=O)N2CCC(C)N(C(=O)c3cc(-c4ccc(F)cc4)cc(C(F)(F)F)c3)CC2)CO1	AlphaDrug	4WOP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3372	CC1CCN(C(=O)C2CCCCC2)CCN1C(=O)c1cc(-c2ccc(F)cc2)cc(C(F)(F)F)c1	AlphaDrug	4WOP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3373	CC1CCN(c2cc(F)cc(F)c2)CCN1C(=O)c1cc(C(F)(F)F)ccc1N	AlphaDrug	4WOP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3374	O=c1[nH]c2cc(-c3ccc(O)cc3)ccc2c2[nH]ccc12	AlphaDrug	5IVE	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3375	Oc1ccccc1CN1CCN(c2ccc(OC3CC3)c(Cl)c2)CC1	AlphaDrug	5IVE	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

3361 to 3375 of 73725 items. Total 4915 pages.