DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
3376 O=C(O)c1ccc(N2CCN(S(=O)(=O)c3ccc(N4CCOCC4)cc3)CC2)c(O)c1 AlphaDrug 5IVE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3377 O=S(=O)(Nc1nc(Cc2cccc3ccc(-c4ccc(O)cc4)cc23)cs1)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 5IVE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3378 Oc1ccc(-c2ccc3cccc(CSC4C=CCCC4)c3c2)cc1 AlphaDrug 5IVE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3379 OC1CCC(Nc2cc(-c3ccc4ccccc4n3)ncn2)C1 AlphaDrug 5IVE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3380 O=C(Nc1cccc(Cc2cccc3ccc(-c4ccc(O)cc4)cc23)n1)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 5IVE ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3381 Oc1ccc(-c2ccc3cccc(Cc4n[nH]c5cc(Cl)ccc45)c3c2)cc1 AlphaDrug 5IVE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3382 O=C(Nc1nc(Cc2cccc3ccc(-c4ccc(O)cc4)cc23)cs1)c1ccc(F)cc1 AlphaDrug 5IVE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3383 O=C(C1CC1)N1CCN(c2ccc(-c3cc(-c4ccc(O)cc4)c4ccccc4c3)cc2)CC1 AlphaDrug 5IVE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3384 COc1ccc(CN2CCN(C(=O)c3ccc(C(=O)O)cc3)CC2)cc1C(F)(F)F AlphaDrug 6N8X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3385 CC1(C)CCC(c2cc(C(F)(F)F)ccc2NC(=O)c2ccc(C(=O)O)cc2)CC1 AlphaDrug 6N8X ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3386 CC1(C)CCC(c2cc(C(=O)O)ccc2NCCC2CCCCCC2)CC1 AlphaDrug 6N8X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3387 CC1(C)C=CC(c2cc(C(=O)O)ccc2NC(=O)c2ccccn2)CC1 AlphaDrug 6N8X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3388 CC1(C)CCCC(c2ccc(C(=O)Nc3ccc(C(=O)O)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 6N8X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3389 CC1(C)CCC(c2cc(C(=O)Nc3ccc(Cl)cc3)ccc2NCc2ccc(Cl)cc2)CC1 AlphaDrug 6N8X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3390 CC1(C)CCC(c2cc(C(F)(F)F)ccc2NC(=O)c2ccc(C(=O)O)cc2)CC1 AlphaDrug 6N8X ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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