Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
3391	CC1(C)CCC(C(=O)c2cc3cc(-c4nc5ccccc5n4CCCC(=O)O)ccc3n2CCCCC(=O)O)CC1	AlphaDrug	6N8X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3392	CC1(C)CCC(c2cc(N3CCCCC3)ccc2NC(=O)c2ccc(Cl)cc2)CC1	AlphaDrug	6N8X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3393	CC1(C)CCCCCN1C(=O)c1cc(-c2cccc(Cl)c2)c(Cl)cc1O	AlphaDrug	6N8X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3394	CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3ccc(CCC4CCCCCC4)cc3)c2)cc1	AlphaDrug	5AML	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3395	CC(NC(=O)c1cc(-c2cccc(OCC3CCC=CCC3)c2)on1)c1ccccc1	AlphaDrug	5AML	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3396	CC(C)c1ccc(-c2ccc(C(=O)NCC3CCCCCC3)cc2)cc1	AlphaDrug	5AML	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3397	CC(C)C(NC(=O)c1ccc(C(C)(C)C)cc1)C(=O)NCc1ccc2ccccc2c1	AlphaDrug	5AML	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3398	COc1cc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)c3ccc(C(F)(F)F)cc3)CC2)ccc1C(C)C	AlphaDrug	5AML	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3399	CC(C)c1cc2cccc(OCC(=O)c3cccc(OCC(=O)O)c3)c2o1	AlphaDrug	5AML	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3400	CC(C)c1ccc(Cl)c(NC2(c3ccc(C(=O)O)cc3)CCCCCC2)c1	AlphaDrug	5AML	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3401	CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)cc2)cc1	AlphaDrug	5AML	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3402	CC(C)CC(NC(=O)CNC(=O)C(NC(=O)CC(C)(C)NC(=O)c1ccc(-c2ccccc2)cc1)C(C)C)C(=O)NC(=O)OC(C)(C)C	AlphaDrug	5AML	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3403	COc1cc(-c2ccc(S(C)(=O)=O)cc2C(=O)O)ccc1C(=O)Nc1cc(OCCO)ccc1SC	AlphaDrug	5AML	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3404	Nc1ncc2cc(-c3ccc(N4CCCC4)cc3)sc2n1	AlphaDrug	4CRA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3405	Nc1ncc2cc(-c3ccc(N4CC=CN(C(=O)c5cccc(C(F)(F)F)c5)CC4)cc3)ccc2n1	AlphaDrug	4CRA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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