DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
3331 CCc1ccc(Cl)c(Cl)c1S(=O)(=O)Nc1cc(-n2nnc3ccccc32)ccc1-c1ccccn1 AlphaDrug 4W97 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3332 CCc1ccc(Cl)c(C)c1CNC(=O)c1cc(-c2cccc(Cl)c2)c(-c2ccc(Cl)cc2)o1 AlphaDrug 4W97 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3333 CCc1ccc(Cl)c(C)c1CNC(=O)c1cc(-c2ccc(Cl)cc2)c(Cl)cc1F AlphaDrug 4W97 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3334 CCc1ccc(Cl)c(CNC(=O)c2cc(-n3cnc4ccccc43)c(Cl)cc2OC)c1 AlphaDrug 4W97 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3335 Cc1ccc(Cl)c(-c2ccc(S(=O)(=O)NC3CCN(C(=O)NC4CC4)CC3)cc2)c1 AlphaDrug 4Z83 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3336 Cc1ccc2cccc(CCNC(=O)c3ccc(-c4ccccc4)cc3)c2c1 AlphaDrug 4Z83 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3337 Cc1cc(-c2nnc(C3=CCN(C(=O)CCC4CCCCC4)CC3)o2)ccn1 AlphaDrug 4Z83 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3338 Cc1ccc(-n2nc(COc3ccc(-c4nccs4)cc3)c3cnnn32)cc1 AlphaDrug 4Z83 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3339 Cc1ccnc(-c2ccc(C(=O)NC3CCN(C(=O)c4ccc(N5CCN(c6ncn(C)n6)CC5)cc4)CC3)cc2)n1 AlphaDrug 4Z83 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3340 CC(C)c1nc(NC(=O)c2ccc(O)c(N)c2)nc(C2CCCCCC2)n1 AlphaDrug 4Z83 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3341 Cc1ccc(CCN2CCN(C(=O)C(CCCCCNC(N)=O)C(=O)N3CCN(c4ccc(C(F)(F)F)cc4)CC3)CC2)cc1 AlphaDrug 4Z83 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3342 CC(C)(C)c1ccc(-c2ccc(C(=O)NCCCC3CCCCC3)nc2)cc1 AlphaDrug 4Z83 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3343 Cc1ccc(Cl)c(C(=O)NC2CCN(C(=O)CCc3ccc(-c4ccccc4)cc3)CC2)c1 AlphaDrug 4Z83 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3344 Cc1ccc(-c2ccc(C(=O)NC3CCN(C(=O)c4cccc(C(=O)O)c4)CC3)nc2)cc1 AlphaDrug 4Z83 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3345 Cc1cc(NC(=O)c2ccc3cc(C(N)=O)ccc3c2)ccc1-c1ccc2c(c1)CN(C(=O)c1cnn[nH]1)CCO2 AlphaDrug 6C9V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

3331 to 3345 of 73725 items. Total 4915 pages.