DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
3301 CC(Cc1ccc2cc(OC3CCCN(C(=O)NC4CCCCC4)CC3)ccc2c1)c1cc(F)cc(C2CCCCC2)c1 AlphaDrug 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3302 CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OCCO4)cccc12)c1ccc(C2=NN3CCCCCC2(C(F)(F)F)C3)cc1 AlphaDrug 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3303 CC(Cc1ccc2ccccc2c1)Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OCO4)cccc12 AlphaDrug 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3304 CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OCCO4)cccc12)c1ccc2c(c1)OC=CCO2 AlphaDrug 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3305 Cc1ccccc1C(=O)Nc1ccc(C)c(-c2nn(Cc3ccc4ncccc4c3)c3c2CCCC3)c1 AlphaDrug 5NJZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3306 Cc1ccc(-c2cc(-c3ccc(N4CCN(C(=O)c5cccc6ccccc56)CC4)cc3)no2)cc1 AlphaDrug 5NJZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3307 Cc1ccccc1C(=O)Nc1ccc(C)c(-c2nn(Cc3ccc(-c4ccccc4)cc3)c3ccccc23)c1 AlphaDrug 5NJZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3308 Cc1ccc(NC(=O)c2ccccc2NC2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 5NJZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3309 Cc1ccc(NC(=O)c2ccc(N(C)C)cc2)cc1-c1ccc(S(C)(=O)=O)cc1 AlphaDrug 5NJZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3310 Cc1ccccc1C(=O)Nc1ccc(C)c(-c2ccc(N3CCOCC3)cc2)c1 AlphaDrug 5NJZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3311 Cc1ccccc1C(=O)Nc1ccc(C)c(-c2nn(Cc3ccc(C(=O)O)cc3)c3ccccc23)c1 AlphaDrug 5NJZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3312 Cc1ccc(NC(=O)c2ccccc2)cc1-c1ccncc1 AlphaDrug 5NJZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3313 Cc1ccccc1C(=O)Nc1ccc(C)c(-c2nn(Cc3ccc(C(F)(F)F)cc3Cl)c3ccccc23)c1 AlphaDrug 5NJZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3314 Cc1ccc(NC(=O)c2ccccc2C)cc1NCc1ccc(-c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5NJZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3315 CCC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3ccc(-c4ccc(N5CCN(C(=O)NCCO)CC5)cc4C)cc3)cc(NCc3nnc(-c4ccccc4)o3)n2)CC1 AlphaDrug 5JS3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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