Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
3241	CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)CNCO4)cccc12)c1ccc(C(F)(F)F)cc1	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3242	CC(Cc1ccc2cc(OC3CCCN(C(=O)NC4CCCCC4)CC3)ccc2c1)c1cc(C(F)(F)F)cc(C2(O)CCCC2)c1	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3243	Cc1cc(-c2ccc3c(c2)CCCCO3)ccc1C(C)Cc1ccc2cc(O)ccc2c1	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3244	CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OC=CO4)cccc12)c1ccc(C(N)=O)cc1Cl	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3245	CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OCCO4)cccc12)c1ccc2c(c1)CCCC2	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3246	CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OCCO4)cccc12)c1ccc(C2(C(F)(F)F)CC2)cc1	AlphaDrug	5W2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3247	Cc1cc(C(C)Cc2c[nH]c3c(-c4ccc5c(c4)OCCO5)cccc23)ccc1Cl	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3248	CC(Cc1ccc2ccccc2c1)Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OCCO4)cccc12	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3249	CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)C3(CCCC3)C(=O)N(C)CCCO4)cccc12)c1ccc(F)cc1	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3250	CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OCCO4)cccc12)c1ccc(C(F)(F)F)cc1Cl	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3251	CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OCCO4)cccc12)c1ccc2c(c1)CCC2	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3252	CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OCCO4)cccc12)c1ccc(C(N)=O)cc1C(F)(F)F	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3253	CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)CN(C)CO4)cccc12)c1c[nH]c2ccccc12	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3254	CC(Cc1c[nH]c2ccc(O)cc12)C1=CC=C2OCCC(N)C3(C)CCC(N)C34C=C2C(=C1)c1ccccc14	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3255	CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OCCO4)cccc12)c1ccc(C(F)(F)F)cc1C(F)(F)F	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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