Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
3271	CC(Cc1ccc(C(N)=O)cc1)Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4n[nH]cc4c3)cccc12	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3272	CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OCCO4)cccc12)OCc1ccc(C(=O)O)cc1	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3273	CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OCO4)cccc12)c1ccc2c(c1)CCCCC2	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3274	CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OCCO4)cccc12)c1ccc(Cl)c(CCC2(C(=O)O)CC2)c1	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3275	CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OCCO4)cccc12)c1ccc2c[nH]c-2cc1	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3276	CC(Cc1c[nH]c2ccc(O)cc12)c1ccc2c(c1)CCN(c1ccccc1)CCO2	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3277	CC(Cc1ccc2cc(OC3C=CN(C(=O)NC4CCCCC4)CCC3)ccc2c1)c1cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c1	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3278	CC(Cc1c[nH]c2ccccc12)c1ccc2c(c1)C1(CCCC1)N(C)C(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(N)CCCCO2	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3279	CC(Cc1c[nH]c2ccc(O)cc12)c1ccc2c(c1)CC(C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NO)C(N)CCO2	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3280	CC(C)CC1NC(=O)CCCCCCC(NC(=O)C2CCN(C(=O)c3ccc(O)cc3NC(=O)C(C)Cc3ccc4cc(O)ccc4c3)CC2)C1=O	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3281	CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OCCO4)cccc12)c1ccc(Cl)c(CC2(C(F)(F)F)CC2)c1	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3282	CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OCCO4)cccc12)c1ccc(C(F)(F)F)cc1	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3283	CC(Cc1ccc2cc(OC3C=CN(C(=O)NC4CCCCC4)CCC3)ccc2c1)c1cc(C(F)(F)F)cc(C2(C(F)(F)F)CC2)c1	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3284	CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OCCO4)cccc12)c1ccc2cc[nH]c2c1	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3285	CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc4c(c3)OCCO4)cccc12)c1ccc(C2=CCCCC2)cc1Cl	AlphaDrug	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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