DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
3451 COc1cc(-c2cc3c(cc2C)N(CC[Si](C)(O)C2CCN(C)CC2)CCC3)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3452 COc1cc(-c2ccc3c(c2)CCCN3CC[Si](C)(O)c2ccccc2)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3453 COc1cc(-c2cc3c(cc2O)N(CC[Si](C)(O)C2CNC(=O)C2)CCC3)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3454 COc1cc(CCC(O)c2cc(O)c(O)c(O)c2)cc(C2CCC(O)C(C)c3ccccc32)c1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3455 COc1cc(CCC(O)c2cc(O)c(O)c(O)c2)cc(C2CN(C)CC2Cc2ccc(O)cc2)c1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3456 COc1cc(-c2cc3c(cc2Cl)N(CC[Si](C)(O)C2CN=C2c2ccccc2)CCC3)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3457 COc1cc(CCC(O)c2cc(O)c(O)c(O)c2)cc(C2CCC(N)C(O)c3ccccc32)c1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3458 COc1cc(-c2cc3c(cc2C)N(CC[Si](C)(O)c2ccc(OC)c(N)c2)CCC3)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3459 COc1cc(-c2ccc3c(c2)CCCN3CC[Si](C)(O)c2ccc(O)cc2)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3460 COc1cc(-c2cc3c(cc2Cl)N(CC[Si](C)(O)C2CCOCC2)CCC3)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3461 COc1cc(-c2ccc3c(c2)CCCN3CC[Si](C)(O)c2cccc(O)c2)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3462 COc1cc(-c2cc3c(cc2OC)N(CC[Si](C)(O)C2CCCC2)CCC3)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3463 COc1cc(-c2cc3c(cc2O)N(CC[Si](C)(O)C2C=CC=C2)CC=C3)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3464 COc1cc(-c2cc3c(cc2O)C(C)N(CC[Si](C)(O)C2CC2)CCC3)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3465 COc1cc(-c2cc3c(cc2F)N(CC[Si](C)(O)C2CCN(C)CC2)CCC3)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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