DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
3496 COc1cc(-c2cc3c(cc2Cl)N(CC[Si](C)(O)C2COC2)CCC3)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3497 COc1cc(-c2cc3c(cc2C)N(CC[Si](C)(O)C2CCc4ccc(O)cc42)CCC3)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3498 CC(C)Cc1ccc(C(=O)N2CCCCC2C(N)NC(=O)c2cccc(C(O)c3c[nH]nn3)c2)cc1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3499 COc1cc(-c2ccc3c(c2)CCCN3CC[Si](C)(O)CCCc2ccccc2)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3500 COc1ccc(CCN2CCN(C(=O)c3ccc(O)c(O)c3)CC2)cc1O AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3501 COc1cc(-c2cc3c(cc2O)N(CC[Si](C)(N)c2ccc(C)cc2)C=CC3)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3502 COc1cc(-c2cc3c(cc2Cl)N(CC[Si](C)(O)C2CCO2)CCC3)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3503 COc1cc(-c2cc3c(cc2O)N(CC[Si](C)(O)C2CNCC2c2ccccc2)CCC3)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3504 CC(C)Cc1ccc(C(=O)NCCc2ccccc2Cc2ccc(C(=O)O)cc2F)cc1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3505 COc1cc(-c2cc3c(cc2Cl)N(CC[Si](C)(O)C2CCNCC2)CCC3)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3506 COc1cc(CCC(O)c2cc(O)c(O)c3c2CCCC3)cc(O)c1O AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3507 COc1cc(-c2cc3c(cc2O)CN(CC[Si](C)(O)C2CC2)CCC3)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3508 COc1cc(-c2cc3c(cc2O)CN(CC[Si](C)(O)C2CCCCC2)CCC3)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3509 COc1cc(CCC(O)c2cc(O)c(O)c(O)c2)cc(C2CCC(O)CC2O)c1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3510 COc1cc(-c2cc3c(cc2Cl)N(CC[Si](C)(O)C2CCN(C4CCCCC4)CC2)CCC3)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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