DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
3526 O=C(O)c1cccc(NC2=CCCN(c3nc(-c4ccc(C(F)(F)F)cc4)cs3)CC2)c1 AlphaDrug 4L19 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3527 O=C(O)c1cccc(CN2CCC(c3nc(-c4ccc(-c5cccc(-c6cccc(C(F)(F)F)c6)c5)cc4)c[nH]3)CC2)c1 AlphaDrug 4L19 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3528 O=C(NCc1cccc(C(=O)O)c1)NC1CC1 AlphaDrug 4L19 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3529 O=C(O)c1cccc(-c2nc(-c3cccc(OC(F)(F)F)c3)n(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)n2)n1 AlphaDrug 4L19 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3530 O=C(NC1CCCCN(C(=O)CCN2CCCCC2=O)C1)c1cc(O)c2nc(-c3ccccc3C(=O)O)cc(O)c2c1 AlphaDrug 4L19 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3531 COc1ccc(CN2CCC(c3nccc(C(C)(C)C)n3)CC2)cc1 AlphaDrug 6ORR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3532 CC(C)CC(=O)N1CCC(=Cc2ccc(OCc3cccc(C(F)(F)F)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 6ORR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3533 COc1cccc(C(=O)OCC(=O)Nc2ccc(OCC(=O)NO)c(C(=O)O)c2)c1 AlphaDrug 6ORR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3534 COc1ccc(CN2CCC(c3ccc(OC(C)(C)C)cc3)CC2)cc1OC(C)C AlphaDrug 6ORR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3535 COc1ccc(CN2CCC(c3nc(-c4ccc(C(F)(F)F)c(F)c4)c[nH]3)CC2)cc1 AlphaDrug 6ORR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3536 COc1cccc(OC(=O)c2ccc(C(C)(C)C)cc2)c1 AlphaDrug 6ORR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3537 COc1ccc(CN2CCC(c3nc(-c4ccc(F)c(C(=O)O)c4)c[nH]3)CC2)cc1 AlphaDrug 6ORR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3538 O=C(NCCCc1ccccc1)NC(CCc1ccc(OCC2CCCCC2)cc1)CC1CCCCC1 AlphaDrug 6ORR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3539 COc1ccc(CN2CC(c3ccccc3)=C(c3ccc(OC(C)C)cc3)C2)cc1 AlphaDrug 6ORR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3540 Cc1ccc(C(=O)N2CCN(C)CC2)cc1-c1ccc(NC(=O)c2ccc(Cl)nc2)cc1 AlphaDrug 6EQV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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