Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
3511	Nc1ncc(Cl)c(CC2CCN(C(=O)Cc3ccccc3)CC2)n1	AlphaDrug	5I3V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3512	Cc1ccc(-c2nc(C3CCCCC3)n(Cc3ccc(F)cc3)c2S(=O)(=O)N2CCN(c3ccccc3)CC2)cc1	AlphaDrug	5I3V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3513	Nc1ncc(Cl)c(-c2cc(COc3ccc4c(c3)OCCO4)cc(Cc3ccccc3)c2)n1	AlphaDrug	5I3V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3514	Nc1ncc(Cl)c(-c2cc(N3CCCC3)nc(N3CCCCC3)n2)n1	AlphaDrug	5I3V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3515	Nc1ncc(Cl)c(N2CCCC2CN2c3ccccc3OCC2CO)n1	AlphaDrug	5I3V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3516	Nc1ncc(Cl)c(-c2cc(COc3cccc4ccccc34)cc(N3CCN(C(=O)C4(c5ccccc5)CC4)CC3)c2)n1	AlphaDrug	5I3V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3517	Nc1ncc(Cl)c(-c2cc(COc3cccc4ccccc34)cc(-c3ccccc3)c2)n1	AlphaDrug	5I3V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3518	Nc1ncc(Cl)c(-c2ccc(CC(CCN3CCCC3)C(=O)NCc3ccccc3)cc2)n1	AlphaDrug	5I3V	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3519	Nc1ncc(Cl)c(-c2cc(OC3CCCCC3)c3nnn(C4CCCC4)c3n2)n1	AlphaDrug	5I3V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3520	Nc1ncc(Cl)c(-c2cc(COc3ccc4c(c3)CCCC4)cc(C(F)(F)F)c2)n1	AlphaDrug	5I3V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3521	O=C(O)C1CCC2(CCN(C(=O)Nc3ccc(-c4cccc(C(F)(F)F)n4)cc3)CC2)C1	AlphaDrug	4L19	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3522	O=C(O)c1cccc(CN2CCC(c3nc(-c4ccc(-c5cccc6ccccc56)cc4)c[nH]3)CC2)c1	AlphaDrug	4L19	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3523	O=C(O)c1cccc(CN2CCN(C(=O)c3cccc(C(=O)OC(F)(F)F)c3)CC2)c1	AlphaDrug	4L19	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3524	O=C(O)c1cccc(CN2CCC(c3nc(-c4ccc(-c5cccc(-c6ccccc6)c5)cc4)c[nH]3)CC2)c1	AlphaDrug	4L19	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3525	CC(C)(C)C(=O)NC1CCCN(c2ncc3c(C(=O)NC4CCC(C(=O)O)CC4)cc(-c4ccc(C(F)(F)F)cc4)nc3n2)C1	AlphaDrug	4L19	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

3511 to 3525 of 73725 items. Total 4915 pages.