DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
3481 COc1cc(-c2cc3c(cc2O)N(CC[Si](C)(O)C2CCCCC2)CCC3)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3482 COc1cc(-c2cc3c(cc2C)N(CC[Si](C)(O)c2ccc(O)c(N)c2)C=CC3)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3483 COc1cc(-c2cc3c(cc2Cl)N(CC[Si](C)(O)C2CNCC2O)CCC3)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3484 COc1cc(-c2cc3c(cc2O)N(CC[Si](C)(O)C2CCN(C)CC2)CCC3)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3485 COc1cc(-c2cc3c(cc2Cl)N(CC[Si](C)(O)C2CCN(C)CC2)CCC3)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3486 COc1cc(-c2ccc3c(c2)CCCN3CC[Si](C)(O)C2CCCCC2)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3487 COc1cc(CCC(O)c2cc(O)c(O)c(O)c2)cc(O)c1O AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3488 COc1cc(-c2ccc3c(c2)CCCN3CC[Si](C)(O)C2CNC(=O)c3ccccc32)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3489 COc1cc(-c2cc3c(cc2OC)CN(CC[Si](C)(O)C2CCCCC2)CCC3)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3490 COc1cc(-c2cc3c(cc2OC)CN(CC[Si](C)(O)C2CC2)CCC3)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3491 COc1cc(-c2cc3c(cc2Cl)N(CC[Si](C)(O)CC2CC2)CCC3)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3492 COc1cc(-c2cc3c(cc2O)N(CC[Si](C)(O)C2CN(C)C2)CCC3)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3493 COc1cc(CCC(O)c2cc(O)c(O)c(O)c2)cc(C2CC(O)CC2O)c1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3494 COc1cc(-c2cc3c(cc2Cl)N(CC[Si](C)(O)C2CCN(C)C2)CCC3)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3495 COc1cc(-c2cc3c(cc2Cl)N(CC[Si](C)(O)C2C=Cc4ccccc42)CCC3)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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