DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
3541 CN1CCN(C(=O)N2CCC(=Cc3ccc(OCC(=O)NC4CCCNC4)cc3)CC2)CC1 AlphaDrug 6EQV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3542 CN1CCN(C(=O)N2CCCCC2C(=O)Nc2ccc(N3CCN(c4cccc(Cl)c4)CC3)cc2)CC1 AlphaDrug 6EQV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3543 NC(Cc1ccc(Nc2cc(F)cc(C(=O)N3CCCCC3)c2)cc1)C(=O)O AlphaDrug 6EQV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3544 CN1CCN(c2ccc(C(=O)Nc3cccc(NC(=O)c4ccc(Cl)nc4)c3)cc2F)CC1 AlphaDrug 6EQV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3545 CN1CCN(C(=O)N2CCC(NC(=O)c3ccc(-c4ccc(Cl)cc4)cc3)C2)CC1 AlphaDrug 6EQV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3546 CN1CCN(C(=O)c2ccc(Cl)c(Nc3ncc(-c4ccc(Cl)cc4Cl)nc3N)c2)CC1 AlphaDrug 6EQV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3547 CN1CCN(C(=O)c2ccc3cc(C(=O)Nc4cccc(Cl)c4)ccc3c2)CC1 AlphaDrug 6EQV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3548 CN1CCN(C(=O)N2CCC(Nc3ccc(C(=O)Nc4cccc(N)c4)cn3)CC2)CC1 AlphaDrug 6EQV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3549 CN1CCN(c2ccc(C(=O)NCC3CCN(c4ccc(N5CCOCC5)cc4)CC3)cc2)CC1 AlphaDrug 6EQV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3550 O=c1cc(-c2ccc(O)cc2)c2ccccc2n1CCC1CCCCCC1 AlphaDrug 6GW4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3551 O=S(=O)(Nc1ccc(-c2ccc(Cl)cc2O)cc1)c1c(O)ccc(NC2CCCCC2)c1Cl AlphaDrug 6GW4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3552 O=c1cc(-c2ccc(O)cc2)c2ccccc2c(=O)n1CCc1ccccn1 AlphaDrug 6GW4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3553 O=S(=O)(c1ccc(-c2ccc(O)cc2)cc1)N1CCC(N2CCN(c3nc4ccccc4[nH]3)CC2)CC1 AlphaDrug 6GW4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3554 O=C(C/C=C/c1ccc(O)c(Cl)c1C(=O)Nc1ccc(N2CCCCC2)cc1)c1ccc(O)cc1 AlphaDrug 6GW4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3555 O=C(NC1CCC2(CCCCC2)CCC(=O)N1C1CCCCC1CN(Cc1ccccc1)C(=O)c1nccs1)c1ccc(O)cc1 AlphaDrug 6GW4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

3541 to 3555 of 73725 items. Total 4915 pages.