DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
3466 COC1=C(c2cc(OC)no2)/C=C2\CC3NC(=O)C2CCCCN(C(N)=O)\C3=C\1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3467 CC[Si](C)(O)CCN1CCCc2cc(-c3cc(OC)no3)c(O)cc2CC1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3468 COc1cc(-c2cc3c(o2)N(CC[Si](C)(O)C2CCCC2)C=CC3)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3469 COc1cc(-c2cc3c(cc2C)N(CC[Si](C)(O)C2CCN(C(=O)c4cccc(O)c4)CC2)CCC3)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3470 COc1cc(-c2cc3c(cc2Cl)N(CC[Si](C)(O)C2CNC2)CCC3)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3471 COc1cc(CCC(O)c2cc(O)c(O)c(O)c2)cc(C2CC3(CCCC3)C(O)CO2)c1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3472 CC(C)Cc1ccc(C(=O)NCCc2ccc(C(=O)O)cc2)cc1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3473 CCN(Cc1ccc(-c2ccc3n[nH]cc3c2)cc1)C1CCCN(C(=O)c2ccc(O)cc2)C1 AlphaDrug 3KC1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3474 COc1cc(-c2cc3c(cc2F)N(CC[Si](C)(O)C2CC2)CCC3)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3475 COc1cc(-c2cc3c([nH]2)N(CC[Si](C)(O)C2C=Cc4ccccc42)CCC3)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3476 COc1cc(-c2cc3c(cc2Cl)N(CC[Si](C)(O)C2CCCC2)CCC3)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3477 COc1cc(-c2ccc3c(c2)CCCN3CC[Si](C)(O)C2CCN(Cc3ccccc3)C2)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3478 COc1cc(-c2cc3c(cc2Cl)N(CC[Si](C)(O)C2CCN(C4CCCCC4)C2)CCC3)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3479 COc1cc(-c2cc3c(cc2O)N(CC[Si](C)(N)c2ccc(C(C)C)cc2)CCC3)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3480 COc1cc(-c2cc(C)c3c(c2)CCCN3CC[Si](C)(O)C2CCN(C)C2)on1 AlphaDrug 3KC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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