DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
3151 Cc1cc(-c2cc(NC(=O)c3cccc(NC(=O)c4cccc(C(F)(F)F)c4)c3)c3nc(C)ccc3n2)c2ncc(C)c(C)c2c1 AlphaDrug 6CED ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3152 Cc1cc(-c2ccc(F)c(OCC(=O)O)c2)cc2[nH]c(Sc3ccc(C(N)=O)cn3)nc12 AlphaDrug 6CED ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3153 Cc1cccc(C(=O)Nc2cc(-c3cc(C)cc4c(C)c(C)cnc34)c(C)cc2Cl)c1 AlphaDrug 6CED ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3154 Cc1cc(-c2cc(N)cc(C(=O)Nc3cccc(C(=O)O)c3)c2C)c2ncc(C)c(F)c2c1 AlphaDrug 6CED ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3155 Cc1cccc(C(=O)Nc2cc(-c3cc(C)cc4c(C)c(C)cnc34)cc3oc(C)nc23)c1 AlphaDrug 6CED ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3156 Cc1cc(-c2cc(NC(=O)c3cccc(C(F)(F)F)c3)c(N)nc2F)c2ncc(C)c(C)c2c1 AlphaDrug 6CED ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3157 Cc1cc(-c2ccc(F)cc2)c2ncc(C)c(C(=O)c3ccc(C(=O)O)cc3)c2c1 AlphaDrug 6CED ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3158 Cc1ccc(C(=O)NC2=CC(c3cc(C)cc4c(C)c(C)cnc34)=CN(C)c3c2nc(C)n3C)cc1 AlphaDrug 6CED ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3159 Cc1cc(C2=CN=NN(C)C(NS(C)(=O)=O)=C2)c2ncc(C)c(C)c2c1 AlphaDrug 6CED ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3160 CC(C(=O)NC(C(=O)O)C(=O)O)C1C(=O)N(C(Cc2ccccc2)NC(=O)c2ccccc2)Cc2ccc(Cl)cc21 AlphaDrug 4CU7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3161 CC(C(=O)NC(C(=O)O)C(=O)O)C1C(=O)N(C(=O)Nc2ccc(C(=O)O)cc2)Cc2ccc(Cl)cc21 AlphaDrug 4CU7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3162 CC(C(=O)NC(C(=O)O)C(=O)O)C1C/C(=N\OC(F)(F)F)CN1C(=O)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 4CU7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3163 CC(C(=O)NC(C(=O)O)C(=O)O)C1C(=O)N(C(O)c2ccccc2)Cc2ccc(Cl)cc21 AlphaDrug 4CU7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3164 CC(C(=O)NC(C(=O)O)C(O)(C(=O)NC1CCCCC1)C(F)(F)F)c1ccccc1 AlphaDrug 4CU7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3165 CC(C(=O)NC(C(=O)O)C(=O)O)C1CN(Cc2ccc(C(F)(F)F)cc2F)C1=O AlphaDrug 4CU7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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