DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
3031 COc1ccc(C(Cc2ccc(O)c(F)c2)Oc2ccccc2C(=O)O)cc1 AlphaDrug 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3032 CC(C)(NS(=O)c1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1)c1ccc(OCC(N)c2cccc(O)c2)cc1 AlphaDrug 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3033 COc1ccc(C(Cc2ccc(O)cc2)Oc2cccc(N3COC4(CCC4)C3)c2)cc1 AlphaDrug 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3034 COc1ccc(C(Cc2ccc(O)cc2)Oc2ccccc2C(=O)NC2(c3ccc(C(=O)O)cc3)CCCC2)cc1 AlphaDrug 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3035 COc1ccc(C(Cc2ccc(O)cc2)C(=O)N(C(=O)C2CCCC2)c2cccc(N3CCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3036 COc1ccc(C(Cc2ccc(O)cc2)Oc2ccccc2C(=O)NC2(c3ccc(O)c(O)c3)CCCCC2)cc1 AlphaDrug 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3037 COc1ccc(CC(C)N2CCC(c3ccc(F)cc3)CC2)cc1Oc1cccc(NC(C)=O)c1 AlphaDrug 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3038 COc1ccc(OC)c(C(c2cccc3ccccc23)N2CCC(c3ccc(O)cc3)CC2)c1 AlphaDrug 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3039 COc1ccc(C(Cc2ccc(O)cc2)Oc2cccc(CC3CCN(CC(=O)N4CCCC4)C3)c2)cc1 AlphaDrug 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3040 COc1ccc(O)cc1CC(=O)NC1CCCCN1C(=O)Cc1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3041 COc1ccc(C(Cc2ccc(O)cc2)Oc2cccc(NC(=O)C(O)c3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)cc1 AlphaDrug 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3042 COc1ccc([SH](=O)(Cc2ccc(O)cc2)Oc2ccc(CC(=O)N3CCC(c4ccc(O)c5ccccc45)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 2PQW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3043 COc1ccc(CC(C)N2CCC(c3ccc(F)cc3)CC2)cc1Oc1cccc(OC2CCCC2)c1 AlphaDrug 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3044 COc1ccc(C(Cc2ccc(O)cc2)Oc2ccccc2C(=O)NC2(c3ccc(OC)c(O)c3)CCCCC2)cc1 AlphaDrug 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3045 CC(C)(NS(=O)c1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1)c1ccc(OCC2CN(C(=O)CO)CCO2)cc1 AlphaDrug 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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