DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
2986 COc1ccc(CC(C)N2CCC(c3ccc(F)cc3)CC2)cc1Oc1ccc(O)c(N2CCC3(COC3)C2)c1 AlphaDrug 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2987 COc1ccc(C(Cc2ccc(O)cc2)Oc2ccccc2C(=O)NC2(c3ccc(O)c(O)c3)CCCC2)cc1 AlphaDrug 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2988 COc1ccc(C(Cc2ccc(O)cc2)Oc2cccc(CC3CCCN(C)CC3)c2)cc1 AlphaDrug 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2989 COc1ccc(CC(C)N2CCC(c3ccc(F)cc3)CC2)cc1Oc1ccc(N2CCC(C)(C)C2)cc1 AlphaDrug 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2990 COc1ccc(C(Cc2ccc(O)cc2)Oc2ccccc2C(=O)NC2(c3ccc(O)cc3)CCCCC2)cc1 AlphaDrug 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2991 CC(C)(NS(=O)c1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1)c1ccc(C2=CCCCC2)cc1 AlphaDrug 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2992 COc1ccc([SH](=O)(Cc2ccc(O)cc2)Oc2ccccc2C2(c3ccc(OC)c(OC)c3)CCC(C)(C)C2)cc1 AlphaDrug 2PQW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2993 CC(C)(NS(=O)c1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1)c1ccc(OC2CCC(O)C2)cc1 AlphaDrug 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2994 CC(C)(NS(=O)c1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1)c1ccc(OC2CCN(C(=O)O)C2)cc1 AlphaDrug 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2995 CC(C)(NS(=O)c1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1)c1ccc(C2(c3ccc(O)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2996 COc1ccc([SH](=O)(Cc2ccc(O)cc2)Oc2ccc3c(c2)C2(CCCC2)CO3)cc1 AlphaDrug 2PQW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2997 COc1ccc(C(Cc2ccc(C(=O)O)cc2)OCc2cccc(CCC3CCCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2998 COc1ccc(C(Cc2ccc(O)cc2)C(=O)OCc2cccc(-c3ccccc3)c2)cc1 AlphaDrug 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2999 COc1ccc(C(Cc2ccc(O)cc2)Oc2cccc(CC3CCC(C)(C)O3)c2)cc1 AlphaDrug 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3000 COc1ccc(C(Cc2ccc(O)cc2)Oc2cccc3cccc(NC(=O)C4CCCC4)c23)cc1 AlphaDrug 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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