DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
2971 COc1ccc(CC(C)N2CCC(c3ccc(F)cc3)CC2)cc1Oc1ccc(O)cc1 AlphaDrug 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2972 COc1ccc(CC(C)N2CCC(c3ccc(F)cc3)CC2)cc1OCC(O)c1ccc(N)c(O)c1 AlphaDrug 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2973 COc1ccc(C(Cc2ccc(O)cc2)Oc2cccc(NC(=O)C3CCN(C)C(C)(C)CC3)c2)cc1 AlphaDrug 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2974 COc1ccc([SH](=O)(Cc2ccc(O)cc2)Oc2ccc3c(c2)C(O)C(O)CCO3)cc1 AlphaDrug 2PQW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2975 COc1ccc(CC(C)N2CCC(c3ccc(F)cc3)CC2)cc1Oc1cccc(NC(=O)C2CCCC2)c1 AlphaDrug 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2976 COc1ccc(CC(C)N2CCC(c3ccc(F)cc3)CC2)cc1Oc1ccc(O)c(O)c1 AlphaDrug 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2977 COc1ccc(C(Cc2ccc(C(=O)O)cc2)OC(=O)N2CCC(c3ccc(C4CCCCC4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2978 COc1ccc(C(Cc2ccc(O)cc2)C(=O)N2CCC(c3ccc(OC)c(O)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2979 COc1ccc(C(Cc2ccc(O)cc2)Oc2ccccc2CC2(c3ccc(O)cc3)CCCC2)cc1 AlphaDrug 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2980 COc1ccc(C(Cc2ccc(O)cc2)Oc2cccc(CC3CCC(N)CC3)c2)cc1 AlphaDrug 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2981 COc1ccc(C(Cc2ccc(C(=O)O)cc2)C(=O)N(C2CCCCC2)C2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2982 COc1ccc(CC(C)N2CCC(c3ccc(F)cc3)CC2)cc1Oc1cccc(NC(=O)C2CC2)c1 AlphaDrug 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2983 COc1ccc(CC(C)N2CCC(c3ccc(F)cc3)CC2)cc1OCC(O)c1ccc(O)cc1 AlphaDrug 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2984 CC(C)(NS(=O)c1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1)c1ccc(OC2CCN(c3ccc(Cl)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2985 COc1ccc([SH](=O)(Cc2ccc(O)cc2)Oc2ccc(C3=CCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 2PQW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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