Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
2926	CN(c1ccc(C2(c3ccc(F)c(F)c3)CC2)cc1)c1cccc(-c2ccnc(NC3CCCCC3)n2)c1	AlphaDrug	2RMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2927	Cc1c(-c2cccc(N3CCC(N(C)Cc4ccc(O)c(O)c4)CC3)c2)[nH]c2cc(F)ccc12	AlphaDrug	2RMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2928	CN(c1ccc(C2(c3ccccc3)CC2)cc1)c1cccc(-c2ccnc(NC3CCOC3)n2)c1	AlphaDrug	2RMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2929	Cn1c(-c2cccc(Cl)c2)c(-c2cccc(N3CCCC3)c2)c2ccccc21	AlphaDrug	5DYO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2930	Cn1c(-c2ccc(-c3ccc(Cl)cc3Cl)cc2)c(-c2cccc(F)c2)c2ccccc21	AlphaDrug	5DYO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2931	Cn1c(-c2cccc(-n3cncn3)c2)c(-c2ccccc2)c2ccccc21	AlphaDrug	5DYO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2932	CN(C)C1CCN(c2ccc(-c3c(-c4ccccc4C(=O)O)c4ccccc4n3C)cc2)CC1	AlphaDrug	5DYO	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2933	Cn1c(-c2cccc(-c3cccc(Cl)c3)c2)c(-c2ccccc2)c2ccccc21	AlphaDrug	5DYO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2934	Cn1c(-c2ccc(Cl)cc2)c(-c2cccc(Cl)c2)c2ccccc21	AlphaDrug	5DYO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2935	Cc1ccc(-c2cc(C(=O)O)cc(C(=O)Nc3ccc(Cl)cc3C)c2)cc1	AlphaDrug	5DYO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2936	Cn1c(-c2ccc(-c3cccc(NC(=O)Cc4ccccc4)c3)cc2)c(-c2cccc(F)c2)c2ccccc21	AlphaDrug	5DYO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2937	Cn1c(N2C=CC(c3ccc(Cl)cc3)CC2)cc2ccccc21	AlphaDrug	5DYO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2938	Cc1ccc2c(c1)c(-c1ccc(S(N)(=O)=O)cc1)c(-c1ccc(Cl)cc1)n2C	AlphaDrug	5DYO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2939	CCC(NC(=O)c1cc(-c2ccc(CNC(=O)C3CCCC(N4CCOC4)C3)cc2)no1)C(=O)O	AlphaDrug	6G3V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2940	CCC(NC(=O)c1cc(-c2ccc(CNC(=O)C3CCCCC3)cc2)no1)c1ccc(N2CCOCC2)cc1	AlphaDrug	6G3V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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