DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
2896 Cc1c(-c2cccc(N3CCC(N(C)Cc4c[nH]nn4)CC3)c2)[nH]c2cc(F)ccc12 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2897 Cc1c(-c2cccc(N3CCC(N(C)CC(=O)NCCN(C)c4nnnn4C4CCCC4)CC3)c2)[nH]c2cc(F)ccc12 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2898 CN(C1=NC(=O)N(C2CCCCC2)C1)c1cccc(-c2ccnc(NC3CCCCC3)n2)c1 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2899 Cc1c(-c2cccc(N3CCC(N(C)C(=O)NC4CCCCC4)CC3)c2)[nH]c2cc(F)ccc12 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2900 Cc1c(-c2cccc(N3CCC(N(C)Cc4c[nH]c5ccccc45)CC3)c2)[nH]c2cc(F)ccc12 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2901 CN(c1ccc(C2CC2(C)C)cc1)c1cccc(-c2ccnc(NC3CCCCC3)n2)c1 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2902 CN(Cc1ccccc1)C1CCN(c2cccc(-c3[nH]c4cc(F)ccc4c3C#N)c2)CC1 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2903 CN(c1ccc(C2CCCCC2)cc1)c1cccc(-c2ccnc(NC3CC=CCC3)n2)c1 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2904 CN(CC(=O)NC1CCCCC1)C1CCN(c2cccc(-c3[nH]c4cc(F)ccc4c3C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2905 CN(C1CCCCC1)C1CCN(c2ccnc(-c3ccnc(NC4CCCCC4)n3)c2)CC1 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2906 CN(c1ccc(C2(c3cccnc3)CCCC2)cc1)c1cccc(-c2ccnc(NC3CCCCC3)n2)c1 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2907 Cc1c(-c2cccc(N3CCC(N(C)Cc4ccc(F)c(Cl)c4)CC3)c2)[nH]c2cc(F)ccc12 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2908 Cc1c(-c2cccc(N(C)c3ccc(F)cc3)c2)nc2cc(C(=O)O)ccc2c1F AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2909 CN(c1ccc(C2(c3ccc(C(=O)O)cc3)CC2)cc1)c1cccc(-c2ccnc(NC3CCCCC3)n2)c1 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2910 CN(Cc1ccc(Cl)cc1)C1C=CN(c2cccc(-c3[nH]c4cc(F)ccc4c3C#N)c2)CC1 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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