DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
2851 Cc1c(-c2cc(F)cc(N(C)Cc3ccc(F)cc3)c2)nc2ccc(C(=O)O)cc2c1F AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2852 Cc1c(-c2cccc(N3CCC(N(C)Cc4ccc(F)cc4F)CC3)c2)[nH]c2cc(F)ccc12 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2853 Cc1c(-c2cccc(N3CCC(N(C)Cc4cccc(N)c4)CC3)c2)[nH]c2cc(F)ccc12 AlphaDrug 2RMA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2854 Cc1c(-c2cccc(N3CCC(N(C)Cc4nnc(N)n4Cc4ccccc4)CC3)c2)[nH]c2cc(F)ccc12 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2855 Cc1c(-c2cccc(N3CCC(N(C)CC(=O)NC4Cc5ccccc5C4)CC3)c2)[nH]c2cc(F)ccc12 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2856 CN(c1ccc(C2(c3cccc(F)c3)CC2)cc1)c1cccc(-c2ccnc(NC3CCCCC3)n2)c1 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2857 CN(c1ccc(C2CCC(O)(C(=O)O)CC2)cc1)c1cccc(-c2ccnc(NC3C=CCCC3)n2)c1 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2858 Cc1c(-c2cccc(N3CCC(N(C)Cc4c[nH]c5ccc(Cl)cc45)CC3)c2)[nH]c2cc(F)ccc12 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2859 Cc1c(-c2cccc(N3CCC(N(C)Cc4ccccc4F)CC3)c2)[nH]c2cc(F)ccc12 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2860 Cc1c(-c2cccc(N3CCC(N(C)Cc4ccc(F)c(F)c4)CC3)c2)[nH]c2cc(F)ccc12 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2861 CN(c1ccc(C2(c3ccc(F)cc3)CC2)cc1)c1cccc(-c2ccnc(NC3CCCCC3)n2)c1 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2862 CN(c1ccc(C2(c3ccccc3)CCCC2)cc1)c1cccc2c3cccc1CCCCCC2CCO3 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2863 Cc1c(-c2cccc(N3CCC(N(C)Cc4ncc(F)n4C)CC3)c2)[nH]c2cc(F)ccc12 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2864 CN(c1cccc(-c2ccnc(NC3CCCCC3)n2)c1)c1ccc2cc(F)ccc2c1 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2865 CN(c1ccc(C2(C3=Nc4ccccc43)CC2)cc1)c1cccc(-c2ccnc(NC3CCCCC3)n2)c1 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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