DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
2836 N#Cc1cccc(-c2cc(S(=O)(=O)c3ccc(CN4CCOCC4)cc3)cc3ccccc23)c1 AlphaDrug 4QJ0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2837 CN(Cc1ccccc1)c1cccc(-c2ccnc(-c3cccc(C(=O)O)c3)n2)c1 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2838 CN1CCCc2ccc(-c3cccc(N(C)c4ccc(C5(C(F)(F)F)CC5)cc4)c3)cc21 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2839 Cc1c(-c2cccc(N3CCC(N(C)CC(=O)NC4CCCCC4)CC3)c2)[nH]c2cc(F)ccc12 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2840 CN(Cc1ccc(C(=O)O)cc1)C1CCN(c2ccnc3cc(NCC4CCCCC4)ncc23)CC1 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2841 CN(c1ccc(C2(c3ccccc3)CC2)cc1)c1cccc(-c2ccnc(NC3CCNC3)n2)c1 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2842 Cc1c(-c2cccc(N3CCC(N(C)Cc4ccccc4)CC3)c2)[nH]c2cc(F)ccc12 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2843 CN(Cc1cccc(C(F)(F)F)c1)C1CCN(c2cccc(-c3ccnc(C(=O)O)n3)c2)CC1 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2844 CN(Cc1ccc(C(F)(F)F)cc1)C1CCCN(c2ncnc3c(C(=O)O)cccc23)CC1 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2845 Cc1c(-c2cccc(N3CCC(N(C)CCc4c[nH]c5ccc(F)cc45)CC3)c2)[nH]c2cc(F)ccc12 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2846 CN(c1ccc(C2(C(N)=O)CCCC2)cc1)c1cccc(-c2ccnc(NC3CCCCC3)n2)c1 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2847 CN(c1ccc(C2(c3ccccc3)CC2)cc1)c1cccc(-c2ccnc(NC3CCCCC3)n2)c1 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2848 Cc1c(-c2cccc(N3CCC(N(C)CC4=Nc5ccccc54)CC3)c2)[nH]c2cc(F)ccc12 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2849 Cc1c(-c2cccc(N3CCC(N(C)CC(=O)NC4(c5ccc(F)cc5)CCCC4)CC3)c2)[nH]c2cc(F)ccc12 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2850 CN(c1cccc(-c2ccnc(NC3CCCCC3)n2)c1)c1ccc2cccnc2c1 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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