DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
2791 COc1cccc2cc(S(=O)(=O)NC(Cc3ccc(Cl)cc3)C(=O)O)ccc12 AlphaDrug 5TKJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2792 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(Nc3ccccn3)c2)cc1 AlphaDrug 5TKJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2793 COc1ccc(S(=O)(=O)N2CCN(c3ccccc3)CC2C(=O)NC(C)(C)C)cc1 AlphaDrug 5TKJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2794 COc1ccc(CN2CCN(c3nc(NC(C)c4ccccc4)nc4ccccc34)CC2)cc1 AlphaDrug 5TKJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2795 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc3c(c2)NC(=O)CC(CCN2CCCC2)C3)cc1 AlphaDrug 5TKJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2796 COc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(Nc3ccc(CN4CCC(C(=O)O)CC4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5TKJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2797 C=C(CC1C(=O)NC(Cc2ccccc2)C(=O)N1S(=O)(=O)c1ccc(OC)cc1)N1CCC(C2CCCC2)CC1 AlphaDrug 5TKJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2798 Cc1ccc(-c2cnn3cc(-c4ccc(N5CCN(C)CC5)cc4)cnc23)c(C)n1 AlphaDrug 6HAX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2799 CN1C=CN(c2ccc(-c3cc4c(-c5ccc(C(F)(F)F)cc5)cnc(N)c4[nH]3)cc2)CC1 AlphaDrug 6HAX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2800 CN1CCN(c2ccc(-c3cc4c(-c5ccccc5C(F)(F)F)cnc(N)n4n3)cc2)CC1 AlphaDrug 6HAX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2801 CN1CCN(c2ccc3c(c2)cc(-c2ccc(C(=O)Nc4ccccc4C(F)(F)F)cc2)n3C)CC1 AlphaDrug 6HAX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2802 CN1CCN(c2ccc(-c3ccc(Cl)cc3)cc2C2NC(=O)c3cc(C#N)ccc32)CC1 AlphaDrug 6HAX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2803 CN1CCN(c2ccc(-c3cc4c(-c5ccc(F)cc5)cnc(N)n4n3)cc2)CC1 AlphaDrug 6HAX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2804 CN1CCN(c2ccc3c(-c4cnn(-c5ccc6c(CO)cccc6c5)c4)ccnc3c2)CC1 AlphaDrug 6HAX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2805 Cc1ccc(-c2ccc(Cl)cc2)cc1NC(=O)c1ccnc(N2CCN(C)CC2)c1 AlphaDrug 6HAX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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